农产品发票的抵扣勾选操作针对的是开具日期为受票企业成为“用票试点企业”次月1日后的农产品类发票。即开具日期在此之前的无需在电子税务局进行农产品业务抵扣勾选操作，纳税人可直接填写《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》第六栏（农产品收购发票或销售发票或3%征收率的农产品增值税专用发票按9%扣除率计算抵扣）进行抵扣。
对于成为“用票试点企业”次月1日后的农产品类发票，纳税人需在税务数字账户进行发票勾选操作。
我们知道农产品发票类型包括：自产农产品销售发票、从小规模处购进的3%农产品专票、代开的农产品发票、农产品收购发票、从一般纳税人处取得的9%农产品专用发票等；下面让我们一起来看看具体的勾选方法吧：
功能菜单依次选择【税务数字账户】－【发票勾选确认】－【抵扣类勾选】
需要注意的是，农产品发票分为需要待处理的农产品发票与无需处理即可进行抵扣勾选的农产品发票。
1、待处理的农产品发票
自产农产品销售发票（从税控系统获得的普票），从小规模处购进的3%农产品专票
1.1自产农产品销售发票（从税控系统获得的普票）
进入【待处理农产品发票】-【自产农产品发票】模块功能处理后再进行勾选， 录入“开票日期起”、“开票日期止”、“是否处理”三个必录查询条件后，点击【查询】按钮，根据实际情况进行选择“类型”，点击【提交】按钮，完成操作。
注：如果是全电开具的自产农产品销售发票，则该发票直接在【抵扣类勾选】的【抵扣勾选】模块勾选，无需纳税人处理。
1.2从小规模处购进的3%农产品专票
进入【待处理农产品发票】-【从小规模处购进的3%农产品专票】模块功能处理后，再到【抵扣勾选】模块对发票进行勾选，录入“开票日期起”、“开票日期止”、“是否处理”三个必录查询条件后，点击【查询】按钮，根据实际情况进行选择“类型”，点击【提交】按钮，完成操作。
注：点击【待处理农产品发票】-【从小规模处购进的3%农产品专票】会提示何种情况下可以使用该功能；纳税人属于以下三种情形的，可按票面金额和9%扣除率计算抵扣进项税额：
一、生产或提供低税率的货物服务
二、生产高税率的货物
三、既生产高税率的货物又生产或提供其他货物服务且分别核算
如纳税人既生产高税率的货物又提供其他货物服务且未分别核算，只能按票面注明的税额抵扣进项税额。
2、无需处理的农产品发票
农产品收购发票、从一般纳税人处取得的9%农产品专用发票
点击【抵扣勾选】-【发票】进入，录入“开票日期起”、“开票日期止”、“是否处理”三个必录查询条件后，点击【查询】按钮，根据实际情况进行选择“类型”，点击【提交】按钮，完成操作。
3、特殊情形：税务机关代开开具的农产品发票
需先到【抵扣勾选】-【代开农产品发票录入】进行补录后，再到【待处理农产品发票】功能处理后进行勾选。
前提：只有已归类为农产品深加工企业才能使用，且当月归类，次月生效。
操作流程：功能菜单依次选择【税务数字账户】－【发票勾选确认】－【抵扣类勾选】－【抵扣勾选】-【农产品加计扣除勾选】
1、农产品类的发票
当农产品类的发票完成抵扣勾选后，根据需要进行农产品加计扣除勾选。
勾选状态选择“未勾选”，根据需要输入或选择相关查询条件，然后点击【查询】按钮，则在勾选操作区显示符合查询条件的发票；选择“是否用于增值税加计扣除”，并填写“本次加计扣除税额”，点击【提交勾选】按钮，根据提示信息核对数据，如无误，点击【确认】按钮，提示“提交成功”即完成操作。
2、海关缴款书（进口农产品）
勾选状态选择“未勾选”，根据需要输入或选择相关查询条件，然后点击【查询】按钮，则在勾选操作区显示符合查询条件的海关缴款书信息；选择“是否用于增值税加计扣除”，点击【提交勾选】按钮，提示“提交成功”即完成操作。