根据《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）第三条 规定，“企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。”
解读：1、明确了转让股权的纳税义务发生时间。是转让股权生效，且完成股权变更手续时。意味着，企业在一定程度上可以操纵纳税义务发生时间，即使股权框架协议已经签订，只要股权变更手续没有变更，当年不确认股权转让所得。即：股权转让所得的实现，税法更看重股权登记，这也符合《物权法》的基本理念。
2、关于股权转让所得不得扣除留存收益。即企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。在此之前的国税函【2009】698号文件对非居民境外转让股权所得规定中也已经有类似规定。
例如：某企业股权投资成本为500万元，同时在被投资企业未分配利润中享有300万元的留存收益份额，后该企业将股权转让，转让价格为1000万元。按照本文件，股权转让所得应该为1000万-500万=500（万元），虽然留存收益300万元在被投资企业属于税后收益，但是不能在所得额中扣减。