在自然人转让股权过程中，随着企业经营情况的变化，已经约定的股权转让行为，会发生一些无法继续执行、协议变更或收回原已经转让股权的情况，对于转让过程中已经缴纳的个税是否可以退回呢？
关于这类事项，国家税务总局曾在2005年对四川省税务局做出过批复，我们在实务中可以参考适用：
国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复（国税函[2005]130号）针对四川省地方税务局，做出以下批复：
一、根据《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称个人所得税法）及其实施条例和《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称征管法）的有关规定，股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。
二、股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，由于其股权转让行为尚未完成、收入未完全实现，随着股权转让关系的解除，股权收益不复存在，根据个人所得税法和征管法的有关规定，以及从行政行为合理性原则出发，纳税人不应缴纳个人所得税。
根据以上规定，我们可以得出以下结论：
1、转让合同已经履行完毕
（1）针对已经履行完毕的股权转让、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人就取得的股权转让收入缴纳个税，不予退税。
（2）转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，属于另一次股权转让行为，需要再次缴纳个人所得税。
也就是说，转让合同已履行完毕的，相应的纳税义务已经发生，纳税人应及时缴纳个人所得税，在此之后出现解除原转让合同、退回股权的情形，税法上是不予认可的，已产生的纳税义务并不会因此而消灭。
2、股权转让合同未履行完毕
股权转让合同未履行完毕，停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，纳税人不应缴纳个人所得税，已缴纳的税款可以申请退税。
也就是说，股权转让合同因某些因素未履行完毕且不再继续履行，纳税人也未从中取得任何利益的，那么纳税人的纳税义务就尚未发生，无需缴纳个人所得税。
综合以上分析，当股东发生股权转让行为，在签订股权转让协议环节，应该综合考虑被转让股权企业的经营情况，对于转让条件的约定，转让收入的评估，考虑所有发生变化的可能性，以免变更登记后再发生解除协议的情况，可能导致税额的损失和不必要的麻烦。
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