案例：
2025年，某省属国企园区配套工程项目公开招标，项目总投资2000万元，按国家政策预留30%份额专门面向中小企业采购。某建筑公司（小规模纳税人）以500万元中标。没想到支付进度款时，矛盾出现了。
矛盾焦点：
建筑公司：我只能开具1%的票，因为我是小规模纳税人。
某国企说：我招标文件是按9%税率组价，你投标文件税率也是9%，你得给我开9%的税票，否则，结算价核减8%的税差36万元，以弥补我少抵扣的进项税。
项目虽然完工，但双方长期陷入僵局，面临诉讼。
有人说：国企响应政策扶植中小企业，却无法取得9%的税票，白白损失36万，应该在结算时核减税差，而且小规模纳税人本就按1%交的税！
也有人说：小规模纳税人投标文件报9%的税率，是不是违规投标！
还有人说：小规模纳税人开不了9%的票，那可以去税务代开一张啊！
下面我们就一一拆解：
小规模纳税人投标文件报9%的税率是否合规？
答：合规。因为招标阶段为了统一评标口径，明确所有投标人均按9%税率报价，虽然小规模纳税人税率为3%，但投标文件中税率仍为9%。
小规模纳税人可以到税务局代开9%的税票吗？
答：不能。小规模纳税人的法定征收率3%，税务不会代开9%的税票。
从结算额中核减8%的税差合规吗？
答：不合规。增值税是价外税，是需要上交的款项，不是施工方赚的利润。投标时的9%只是评标用的“统一模板”，不是实际交税和开票的标准，小规模纳税人开1%的票，完全合法合规，结算审核时扣减税差，没有法律依据。
该国企直接懵了！没想到陷入死循环了：扣税差吧，违法违规还打不赢官司；不扣税差，白白承担巨额损失！
其实，问题的根源最后还是回到了我们一再强调的合同上。
原来，该国企的招标文件和合同约定过于简单，明知是给中小企业的预留份额，却在合同中没有约定任何合同单价性质和税率调整相关条款，也没有补充协议，最后只能用巨额资金来买单。
也算是花钱买个教训吧！
比如，2022年福建高院判例、2024年南京判例，发包人起诉扣除税差的主张均失败，主要原因就在于合同中对不含税价没有明确约定，中标后又没有签订补充协议，而且福建的案例中，工程结算审核报告双方均已签字确认，法院怎么还会推翻这个双方之前已经认可的结论呢？
审计视角建议：
1.为响应国家政策，招标资料对投标人的纳税人资格（一般纳税人或小规模纳税人）不作限制。（因为做了限制，小规模纳税人就不能参与投标。）
2.招标文件要约定：清单所列单价均为不含税价，合同总价为不含税价与增值税额之和，增值税额按国家现行税收法规规定的、中标人实际适用的税率计算。
3.可以在合同约定，中标人结算时按公式调整合同总价：
调整后合同总价 = 原合同总价 ÷ （1 + 投标税率） × （1 + 实际开票税率）。
4.在合同约定：发包人有权在支付进度款时直接扣除因税率差异产生的差额部分，该调整不视为违约，亦不承担赔偿差价损失的责任。
做到以上，价格明确，权责清晰，就不会有后续争执甚至向法院起诉。
有人说，那合同总价能调整吗？合同价与中标价不一致，是不是属于改变了招投标文件实质性内容，违规了？
答：不违规！
第一，投标时按9%计税，是招标文件为了统一评标定的规则，不是双方说好的实际履约开票税率。
第二，小规模纳税人开不出9%的票，是国家增值税税法的硬性规定，不是中标方故意违约。
第三，投标报价的核心竞争力是不含税工程价款，税金部分属于法定代收代缴款项，并非投标人的竞争报价内容。
因此，保持不含税工程价款不变，并未改变工程范围、工期、质量、不含税综合单价等招投标核心条款，不构成对合同实质性内容的背离。
你遇到过类似的税率差纠纷吗？都是怎么解决的？欢迎在评论区交流经验！
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