（一）与补交实验数据有关的修改（第二部分第十章第3.5节）
一方面，将2017年《国家知识产权局关于修改<专利审查指南>的决定》（国家知识产权局令第74号）相关修改内容移至第3.5.1节，作为补交实验数据的一般“审查原则”，并进一步明确了“对于申请日之后申请人为满足专利法第二十二条第三款、第二十六条第三款等要求补交的实验数据，审查员应当予以审查”。另一方面，增加第3.5.2节“药品专利申请的补交实验数据”，通过纳入两个典型案例，进一步明确了药品专利申请补交实验数据的审查标准，阐释了应如何综合考虑申请文件公开的内容和现有技术状况，站位所属技术领域的技术人员判断其所证明的技术效果是否能够从专利申请公开的内容中得到。
（二）关于组合物权利要求的其他限定的修改（第二部分第十章第4.2.3节）
本次修改旨在明确对于在说明书中仅公开了组合物的一种性能或者用途的情形，权利要求是否需要进行性能限定或用途限定应结合具体情况具体分析。
（三）关于化合物的新颖性的修改（第二部分第十章第5.1节）
针对第5.1节（1）第一段涉及的“提及即公开”的情形，本次修改仅保留与结构信息有关的内容，并要求结构信息的披露程度达到“使所属技术领域的技术人员认为要求保护的化合物已经被公开”，删除“推定”二字达到明显区分两种情形的目的。
针对第5.1节（1）第二段和第三段“推定不具备新颖性”的情形，第一，删除例如相关内容，使得“推定不具备新颖性”情形不再作为“提及即公开”情形的举例出现。第二，把物理化学参数和制备方法等因素合并，增加“效果实验数据”，提出应综合考虑这些因素，并且考虑的结果是要达到所属技术领域的技术人员有理由推定权利要求化合物与对比文件化合物实质相同的程度，举证责任才能转移给申请人。第三，采用“有理由推定二者实质相同”的表述强调审查员应关注推定的合理性以及审查意见的说理充分。第四，将但书部分修改为“除非申请人能提供证据证明结构确有差异”以符合这类推定的举证要求。
（四）关于化合物的创造性的修改（第二部分第十章第6.1节）
（五）关于生物材料保藏单位的修改（第二部分第十章第9.2.1节（4））
（六）关于单克隆抗体权利要求撰写的修改（第二部分第十章第9.3.1.7节）
（七）关于生物技术领域发明的创造性的修改（第二部分第十章第9.4.2节）
1. 概括生物技术领域发明创造性判断总体思路（第9.4.2节）
前言部分概括了生物技术领域发明创造性判断总体思路，在判断过程中，需要根据不同保护主题的具体限定内容，确定发明与最接近的现有技术的区别特征，然后基于该区别特征在发明中所能达到的技术效果确定发明实际解决的技术问题，再判断现有技术整体上是否给出了技术启示。同时，由于生物技术领域的发明创造涉及生物大分子、细胞、微生物个体等不同水平的保护主题，创造性判断时还需要考虑发明与现有技术的结构差异、亲缘关系远近和技术效果的可预期性等。
2.完善“基因”“重组载体”“转化体”“单克隆抗体”中具体情形的创造性评判标准（第9.4.2.1节）
在“基因”主题中，增加结构基因创造性判断的一般标准，给出具备创造性的情形，体现“三步法”在结构基因创造性评判中的适用方式。同时，原有“某蛋白质的氨基酸序列是已知的”和“某蛋白质已知而其氨基酸序列是未知的”两类情形中，具备创造性的规定的表述完全一致，且这两类情形存在逻辑上的联系，因此将其合并表述，使得语言精炼，逻辑连贯。
在“重组载体”主题中，增加针对载体和/或插入的基因结构改造获得的重组载体具备创造性的情形，体现“三步法”在重组载体创造性评判中的适用方式。
在“转化体”主题中，增加针对已知宿主和/或插入基因的结构改造获得的转化体具备创造性的情形，体现“三步法”在转化体创造性评判中的适用方式。
在“单克隆抗体”主题中，增加以结构特征限定的单克隆抗体创造性判断的示例，强调重点关注决定功能和用途的关键序列结构的结构差异。同时，针对已知抗原限定的单克隆抗体以及采用杂交瘤表征的单克隆抗体的相关规定做了澄清性修改，明确“预料不到的技术效果”在此类发明创造性评判中的适用情形。
3. 补充“多肽或蛋白质”主题中具体情形的创造性评判标准（第9.4.2.1节）
在“基因”主题之后，增加“多肽或蛋白质”主题。该主题在审查实践中相关案例较多，且具有自身技术特点。在此规定了多肽或蛋白质创造性判断的一般标准，给出具备创造性的情形，体现“三步法”在多肽或蛋白质创造性评判中的适用方式。
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