一、生产企业留抵不足
生产企业适用免（抵）退计算办法，这“退”退的就是当期的留抵税额。能够退到企业账户中的钱，以当期留抵税额为上限。免抵退税额大于等于留抵税额，留抵税额全部退到企业账户中，差额部分作为免抵税额。免抵退税额小于留抵税额，退到企业账户中的金额等于免抵退额。
二、申报数据未审核通过
与留抵税额比对的免抵退税额，也是根据当期审核通过的单证齐全数据来的。这里强调两个关键词“当期”、“审核通过”。也就是说，企业申报数据会存在与审核通过数据不一致的情况。当月企业申报但审核未通过的单证齐全数据，是不会记入当前审批通知单中“免抵退税额”的。当期审批通过数据也可能包括以前月份疑点数据，当月审批通过的数据。具体数据，企业可以通过申报反馈表中查询审批通过明细。
三、首次申报退税企业
在首次申报退税企业实地核查通过之前，因申报数据均含有“实地核查”的疑点，审批通知单中的免抵退额均为0。企业即使申报单证齐全当月有足够的留抵，也不会有钱退到账上。
四、申报原因
增值税申报了出口销售收入，出口退税申报系统中并没有申报。免抵退税额是根据单证齐全的审核通过数据来的，出口退税申报系统中当月未申报，当然不会有退税啦。所以，企业当月要处理以前月份未审核通过疑点的，即使当月没有出口业务发生，也要做单证齐全零申报，这样以前的疑点当月才能被审核处理。
五、手册核销有关
上期或近期有手册核销，《生产企业进料加工业务免抵退税核销表》中“应调整免抵退税额”与当期单证齐全“免抵退税额”两数求和，导致审批通知单上的免抵退额与这两个都不一样。
