在食品安全、临床微生物与环境微生物监测中，我们经常需要回答同一个问题：这些菌株是否来自同一来源？基因组溯源把菌株间的遗传关系，与采样时间、地点、样本来源、ST型、耐药表型等信息放在一起，帮助研究者识别聚类、提出传播关联假设，并为进一步流行病学调查提供线索。
01 什么是溯源分析？
溯源分析利用菌株的基因组信息，并结合采样时间、地点、食品类型、宿主、血清型、ST型、耐药表型等元数据，判断样本之间的亲缘关系，进一步寻找可能的共同来源、传播联系或聚集事件。
单独看一个样本，通常只能回答“它是什么”；把多个样本放在一起比较，才能继续回答“它和谁更像”“它可能从哪里来”。
02 一棵进化树，能告诉我们什么？
进化树像菌株间的“亲缘关系地图”。分支越近，通常意味着遗传差异越小、亲缘关系越近。若临床、食品或环境来源的菌株形成紧密聚类，就值得结合时间、地点和来源信息进一步调查。
03 四种常用构树方法，怎么选？
NJ适合快速初筛；MP适合序列差异较小的近缘研究；ML基于进化模型评估树，是精细溯源与论文研究中的常用选择；BI可整合复杂模型和分子钟，适合需要估计分歧时间的研究。
Bootstrap用于衡量同一分支在重复重采样中出现的稳定性。数值越高，说明这一聚类结构越稳定，但它不等同于传播方向的直接证据。
04 真正有价值的树，要把Metadata放上去
将采样时间、地区、样本来源、ST型、血清型、耐药谱、毒力基因等信息叠加到树上，一棵树才能从“亲缘关系图”变成“综合溯源图”。
05 柏熠溯源分析：从序列输入到交互式结果
柏熠致病菌全基因组分析系统支持自动识别指定路径下的FASTA文件；提供内置多物种溯源库并支持自定义数据库；支持基于SNP、Kmer和核心基因生成一致性序列；支持最大似然树、邻接树、最大简约树和最小生成树等分析方案。
结果端可展示MLST等位表、wgSNP差异位点汇总、最小生成树、进化树、聚类结果与SNP距离热图等，帮助科研人员从序列输入走向可视化分析。
06 结语：一棵树不是结论，而是线索
进化树本身通常不能单独证明“谁传给了谁”。它更适合回答哪些菌株遗传上更接近、哪些样本形成聚类、哪些样本值得进一步调查。真正的溯源结论，应由基因组关系与时间、地点、来源和暴露史等信息共同支撑。
柏熠溯源分析，让复杂遗传关系更直观，让值得进一步调查的线索更清晰。
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关于柏熠
杭州柏熠科技有限公司成立于2020年，是一家基于测序技术进行自动化工作站、生信分析平台、配套试剂等整体解决方案的研发以及转化的国家高新技术企业。现已开发上市的产品超100款，其中包括7款自动化工作站、20余款生信分析系统和80余款测序配套试剂，通过“设备-软件-试剂”三位一体服务链，推动测序技术高效适配多元化应用需求，简化并加速整个测序周期。
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