上篇（微生物基因组投稿参考｜审稿快、容错高的保底SCI期刊清单（上篇））我们介绍了mSystems、Frontiers in Microbiology、AEM、Microorganisms 4本适配微生物基因组的期刊，本篇继续剩余期刊解析，供大家参考~
📌 BMC Genomics | 基因组学大刊（OA）
IF ≈ 4.39
JCR：Q2 区
中科院：生物学 2–3 区
✅ 适配：泛基因组、多菌株比较基因组、基因组简报
👍 优点：基因组专业期刊，接收极端环境、多菌株研究
⚠️ 缺点：审稿周期不稳定；简单单菌草图易初审拒稿
💡 小提示：单菌也要加强近缘菌株的比较分析
▶ 文章示例：
题目：Comparative genomic analysis of two Arctic Pseudomonas strains reveals insights into the aerobic denitrification in cold environments
研究单位：中国极地研究协会 / 上海交通大学
测序类型：Illumina Hiseq X10 + PacBio RS II
样本类型：2株北极土壤的假单胞菌菌株
DOI：10.1186/s12864-023-09638-1
📌 2. Microbiology Spectrum | ASM 资源型期刊
IF ≈ 4.39
JCR：Q2 区
中科院：微生物学 2 区
✅ 适配：基因组资源报告、泛基因组、群体基因组，创新一般但数据扎实
👍 优点：ASM 官方刊，mSystems/AEM 拒稿可内部转投，看重数据完整度
⚠️ 缺点：版面费高，整体审稿周期偏长
💡 小提示：ASM 期刊拒稿优先选择 transfer 转投
▶ 文章示例：
题目：Pangenome analysis provides insights into the genetic diversity, metabolic versatility, and evolution of the genus Flavobacterium
研究单位：韩国济州国立大学
测序类型：PacBio RS II
样本类型：淡水环境/ WWTP /土壤/鱼类及贝类肠道的 20 株黄杆菌菌株
DOI：10.1128/spectrum.01003-23
📌 3. Scientific Reports | 综合性巨型 OA
IF ≈ 4.79
JCR：Q1/Q2 区
中科院：综合性 2 区
✅ 适配：各类微生物基因组，数据完整、创新不足的保底选择
👍 优点：不卡创新性，只核查技术严谨度
⚠️ 缺点：综合期刊，微生物专业性弱，分区认可度各校差异大
💡 小提示：原始测序数据必须全部公开上传
▶ 文章示例：
题目：Complete genome sequences of Streptococcus pyogenes type strain reveal 100%-match between PacBio-solo and Illumina-Oxford Nanopore hybrid assemblies
测序类型：PacBio + Illumina-Oxford Nanopore hybrid
样本类型：化脓性链球菌标准菌株 NCTC 8198T 与 CCUG 4207T
DOI：10.1038/s41598-020-68249-y
📌 4. Current Microbiology | 微生物学短平快
IF ≈ 2.89
JCR：Q3 区
中科院：微生物学 4 区
✅ 适配：基础菌株基因组，以分类鉴定、系统发育为主，毕业紧急保底
👍 优点：订阅模式零版面费，接收后上线速度快，门槛最低
⚠️ 缺点：分区低；篇幅严格限制，不适合大型泛基因组分析
💡 小提示：必须包含系统发育分析，优先订阅模式
▶ 文章示例：
题目：Whole-Genome Sequencing of Pseudomonas koreensis Isolated from Diseased Tor tambroides
研究单位：马来西亚沙捞越大学
测序类型：Illumina 150 bp paired-end (draft, 89 contigs)
样本类型：源自患病内脏器官的假单胞菌 CM-01
DOI：10.1007/s00284-023-03354-5
希望这份清单能帮你避开投稿弯路，让每一份组学数据都匹配到合适的刊发平台。
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