推荐公众号奥智生物，分享前沿组学技术、实用生信技能、数据挖掘思路
做植物研究，最怕的是手头的数据不够！之前为大家分享过很多植物研究相关的数据库，非常受欢迎。本文为大家整理了最近五年推出的15个植物研究数据库，希望对你的研究有帮助！
SoyOD 是浙江大学生命科学学院团队等开发的大豆整合多组学数据库，面向大豆种质资源挖掘和分子育种。数据库包含 59 个大豆基因组的从头组装、225 个农艺性状的表型数据和约 2500 张图像，并整合转录组与近 4000 份种质的变异信息，提供BLAST等在线分析工具。
https://bis.zju.edu.cn/soyod
LettuceDB 是华大生命科学研究院和深圳国家基因库共同开发的栽培生菜综合多组学数据库，旨在为生菜研究与育种提供一站式数据平台。数据库汇集了栽培和野生莴苣的种质资源、基因组、变异组、表型组、根际微生物组以及单细胞与空间转录组六大模块的数据，支持基因检索、数据下载与在线分析。
https://db.cngb.org/lettuce/
ncPlantDB 是一个综合性数据库，旨在助力植物非编码 RNA 以及非编码 RNA 编码肽领域的研究与新发现。该数据库提供各类非编码 RNA 相关对象的丰富信息。
当前版本的 ncPlantDB 涵盖 43 个物种，从绿藻到有胚植物均有覆盖，共收录 353140 条非编码 RNA 和 3799 条非编码 RNA 编码肽。数据库重点关注非编码 RNA 的翻译潜能，提供大量潜在编码序列以及经实验验证的功能性肽的数据。此外，ncPlantDB 还提供细胞特异性互作网络与共翻译互作网络的详细信息。
https://bis.zju.edu.cn/ncPlantDB/
circRNA 在植物里研究得不算多，但数据其实已经不少。PlantCircRNA 基于近 4 万个 RNA-seq 样本，整理 94 种植物的 circRNA，同时继承了原来的 AtCircDB 和 CropCircDB。每条记录都标注了组织和胁迫条件，还给出检测一致性评分和统一命名规则，做 circRNA 鉴定之后想验证、比对，可以直接来这儿查。
https://plant.deepbiology.cn/PlantCircRNA/
PlantPAN 是一个植物启动子分析数据库，可用于在单个或批量植物启动子序列中识别转录因子结合位点、对应的转录因子以及其他重要调控元件。PlantPAN 5.0 版本提供 7762 条非冗余植物转录因子基序，用于转录因子结合位点预测，同时收录了 240 个植物物种的启动子序列。
https://plantpan.itps.ncku.edu.tw/plantpan5/index.html
TCOD 是由国家基因组科学数据中心等开发的热带作物综合多组学数据库。数据库收录了木薯、橡胶树、甘蔗、芒果、香蕉、咖啡、椰子等 15 种热带作物的基因组、变异、表达和品种数据，目前包含 34 个基因组组装、125 万余个基因和 2.8 亿余个变异，并提供 BLAST、共线性分析等在线工具，可服务于热带作物选择育种和性状改良研究。
https://ngdc.cncb.ac.cn/tcod/
PPGR 是国家基因组科学数据中心开发的多年生植物基因组与调控数据库，聚焦杨树等多年生木本植物，提供基因表达模式、调控基因、代谢通路、蛋白-蛋白互作和转录因子-靶基因互作等信息。数据库目前收录 9015 个转录组样本、107344 个转录因子等丰富数据，并且仍在持续更新。
https://ngdc.cncb.ac.cn/ppgr/
OPIA 是国家基因组科学数据中心推出的植物图像及表型性状开放档案库，整合了高通量表型平台产生的植物图像和表型性状数据。目前收录 6 个物种、57 万余个数据集和 242 万余张图像，并提供水稻品种图像识别等工具和图像预处理服务，适合开展基于图像的植物表型分析与应用。
https://ngdc.cncb.ac.cn/opia/
PGDD 2.0 由美国佐治亚大学植物基因组作图实验室开发，是植物全基因组复制和共线性分析的专业数据库。新版本收录了2400余个植物基因组组装，整合 MCScanX、BLAST、点图、Ks分析和共线性网络等在线工具，并新增LocalSynteny 和 PhyloWGD 功能模块，是研究植物基因组进化的得力助手。
http://chibba.agtec.uga.edu/
SoIR 是2024年1月上线的茄科植物综合数据库，收录了番茄、马铃薯、辣椒、烟草等81个茄科物种的基因组、基因模型和注释信息，支持共线性基因、泛基因组、CRISPR靶序列、m6A 修饰基因和转录因子等检索，并提供 BLAST、Hmmsearch、引物设计、Jbrowse 等工具，适合开展茄科比较基因组和功能基因组研究。
GEAR 是拟南芥昼夜节律和时间序列基因表达的综合图谱数据库。数据库整合了 87个实验条件（涵盖不同光周期、温度、生态型和组织）下 35130 个基因的表达数据，可按照实验条件或基因批量检索、绘制时间序列表达图并下载标准化表达矩阵，是研究植物生物钟和昼夜节律调控的专用资源。
https://scientist.xsrv.jp/
做表观遗传，最愁的是找不到现成的 ATAC-seq 数据。PlantCADB 从 649 个样本里整理出 37 个物种、1834 万个染色质开放区（ACR），并且给每个ACR都注释了关联基因、转录因子足迹、motif 和 SNP。数据按胁迫、发育、组织三类场景归档，既能在线可视化也能整包下载，适合做开放染色质与基因表达的联合分析。
https://bioinfor.nefu.edu.cn/PlantCADB/
育种方向的同学可以看看这个。CropGS-Hub 汇总了 7 大作物、14 个群体的 2240亿条基因型数据和 43 万条表型记录，内置表型预测、模型训练、杂交设计三个模块，还提供了配套的 SNP 分型插件。不用写代码就能跑一遍基因组选择，想估算育种值或者设计组合时，用它做个快速评估很划算。
https://iagr.genomics.cn/CropGS/
药用植物病虫害数据库是在中国医学科学院药用植物研究所，栽培中心，植物保护室主办并维护，目的为广大药用植物种植户、公司、科研人员，提供一个在线药用植物病虫害检索平台。
观赏花卉多组学平台，标准化转录组数据，提供 eFP 图谱、共表达网络，无需代码即可挖掘花期、花色、花香相关基因。
https://bioinformatics.hainanu.edu.cn/flowerbase/static/index.html
好啦，这次的实用植物研究数据库就分享到这里啦，快去试试吧！
*未经许可，不得以任何方式复制或抄袭本篇文章之部分或全部内容。版权所有，侵权必究。
基迪奥旗下绘图公众号
分享科研绘图技能与工具
欢迎关注与转发~
