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科研图表是数据呈现与学术交流的“通用语言”。读懂常见科研图表，方能把握文献结论、判断实验设计与统计方法是否合理，也能在自身的研究中选对图表、讲好故事。
箱型图（Box plot）用于展示数据分布，箱体主要由最小值、下四分位数、中位数、上四分位数、最大值等构成。图中箱体上下边分别为上四分位数 Q3 和 下四分位数Q1，中间横线为中位数Q2，箱体高度即四分位距IQR；上下须线延伸至Q3+1.5 IQR、Q1−1.5 IQR 范围内的最大值和最小值，超出须线的点为异常值。图上方括号与星号为 T检验显著性标记，ns 表示差异不显著，**、***表示差异显著或极显著。
使用场景：用于展示各类数据的分布情况，适合多组数据分布的直观比较。
柱状图（Bar chart）用等宽柱子的高度表示各类别数值的大小。图中柱顶为各组平均值，上方伸出的误差线表示标准差（SD）或标准误（SE）；柱顶字母为显著性标记，含相同字母的组之间差异不显著，字母完全不同的组之间差异显著。
使用场景：用于比较不同分组、不同处理条件下某一指标的平均值及组间差异。
相关性热图（Correlation heatmap）用颜色的冷暖与深浅表示两个变量间相关系数的大小。图中红色为正相关、绿色为负相关，颜色越深相关性越强，右侧色条显示相关系数r（−1～1）；格内星号表示显著性（*P<0.05，**P<0.01）。横轴为基因、纵轴为环境因子，侧边聚类树依据相关性对变量聚类，便于识别共变模式。
统计方法：相关性分析（Pearson/Spearman）
使用场景：用于展示多个基因、物种或环境因子等变量之间的相关关系。
散点图（Scatter plot）用平面上的点表示两个变量的对应关系，横轴为自变量、纵轴为因变量，每个点代表一个观测样本。图中直线为线性回归拟合线，阴影为置信区间；R²为拟合优度，越接近1说明自变量对因变量变异的解释能力越强，P值检验回归是否显著。图边缘的核密度曲线展示各变量的分布。
使用场景：用于探究两个连续变量之间的相关或回归关系。
韦恩图（Venn diagram）用相互交叠的圆圈表示不同集合之间的关系。下图每个圆圈代表一个特定样本或处理组（图中MO、SJ、SA、MU四组），不重叠区域的数字为该组独有元素个数，重叠区域的数字为两组或多组共有元素个数，可直观比较各组元素的共有与特有情况。
使用场景：用于展示不同样本、处理组间共有或特有基因、物种、OTU等元素的数量。
聚类热图（Clustering heatmap）以颜色表达数值大小，并对样本和基因进行双向聚类。图中横轴为样本，顶部色条标注分组信息；纵轴为感兴趣的基因；侧边聚类树展示基因或样本表达模式的相似性，距离越近越相似；红色为高表达、绿色为低表达。可快速判断样本分组是否一致、识别表达模式相近的基因簇。
使用场景：用于基因表达谱等高通量数据的全局展示，识别样本分组与基因表达模式。
趋势分析（Series Test of Cluster, STEM）将表达趋势相同的基因聚类到同一模块。每个Cluster代表一种随时间变化的表达模式，横轴为时间点（T0～T3），纵轴为表达变化量，线条密度反映归入该趋势的基因数量。对每个模块中的基因可进一步做GO、KEGG等功能富集分析。
使用场景：用于时间序列或梯度处理的组学数据，识别基因随时间或剂量的动态表达模式。
PCA散点图（Principal Component Analysis）将高维数据降维到二维平面，展示样本间的相似性。横轴PC1、纵轴PC2为第一、第二主成分，括号内百分比为该主成分对总变异的贡献率；每个点代表一个样本，颜色代表分组，椭圆为95%置信椭圆。同组样本聚集越紧、不同组分离越明显，说明组间差异越大。
使用场景：用于转录组、代谢组等高通量数据的样本聚类，评估组间差异和重复一致性。
生存分析（Survival Analysis）研究生存现象与响应时间数据之间的规律，在医学文章中尤为常见。图中阶梯状曲线为Kaplan-Meier生存曲线，横轴为观察时间（月），纵轴为生存率，曲线下降代表终点事件（如死亡）发生；曲线上的短竖线（或“+”号）表示删失数据，即随访结束时仍未发生终点事件的样本。R、SPSS默认用“+”号，GraphPad Prism用短竖线。
统计方法：生存分析（Kaplan-Meier、Log-rank检验）
使用场景：用于医学随访研究，比较不同分组患者的生存率及预后差异。
火山图（Volcano plot）是一种特殊的散点图，广泛用于转录组、蛋白组等组间差异分析结果的展示。横轴log2fc为差异倍数的对数值，越偏离0表达变化越大；纵轴−log10FDR为校正后P值的对数值，数值越大结果越可靠。通常以两条竖虚线（差异倍数阈值）和一条横虚线（显著性阈值）划分区域：粉色为显著上调，绿色为显著下调，灰色为无显著差异，还可标注感兴趣的基因。
使用场景：用于快速展示两组或多组间差异表达（或差异丰度）分子的整体分布。
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