零售商启动联盟营销时，首要问题通常是“佣金结构如何设定？”建议调研竞争对手及细分领域零售商的佣金水平。例如销售服装，除查看同类网站外，还应参考化妆品、配饰和鞋类零售商的费率，以制定合理方案。
获取佣金率通常有两种方式：一是访问零售商官网页脚处的联盟计划页面，通常会列出标准费率；二是在各联盟网络注册账户并搜索目录，若有博客可作为申请凭证。
联盟佣金的变体
建立基础佣金结构后，可考虑增加归因选项（即决定佣金支付条件与时机）。以下是值得关注的变体：
1. 联盟推荐后一分钟内发生的交易
零售商常面临优惠券目录带来的归因挑战。例如消费者通过Facebook广告进店加购，结账时搜索促销码，点击联盟优惠券链接完成购买。这导致交易被错误归因于联盟渠道，零售商需为本属广告驱动的交易支付额外佣金。
Target在其结账流程中使用促销代码字段。
为降低此类风险，可通过合适的联盟网络设置时间限制。以ShareASale为例，若消费者点击联盟链接后1分钟内完成交易，系统可判定其经历了“暂停结账搜券-返回完成”的行为模式，对此类交易设置较低佣金率。此外，ShareASale还能将功劳归于最初引荐的联盟成员，或在原始引荐者与末次点击者之间分配佣金。虽未彻底解决归因问题，但有助于预算管理。（注：数字营销行业正开发更完善的归因模型，完整解决方案指日可待。）
2. 特定时间内发生的交易
为激励联盟会员在年终促销等限时活动中引流，许多网络支持设置临时佣金率覆盖默认费率。例如AvantLink允许为选定会员在一定期限内提供临时佣金结构，期满后自动恢复默认费率。
AvantLink还支持灵活分类管理：可为全体会员、个别会员或带特定标签的会员设置临时费率；甚至可根据行为条件（如无流量记录、使用自定义链接等）对符合条件的会员应用临时费率。
3. 激活佣金
创建激活佣金是极具吸引力的激励措施。新会员加入时提供更高费率（如前30天双倍佣金），能促使其早期积极推广，建立长期健康关系。
多数联盟网络支持自定义佣金规则；若网络无自动化功能，也可手动计算差额并以奖金形式发放。实施高级佣金结构后，务必主动告知会员，确保其知悉您为保障公平支付所做的努力。