建筑施工企业纳税存在的突出问题：
一、增值税进项税额抵扣不足
1、材料进项税额抵扣问题。
由于建筑施工企业的施工地点多样，环境复杂，其所需的材料来源方式也存在复杂性，部分材料适用税率较低，如以水泥为主要原材料生产出的砼，适用 3% 征收率；
部分材料采购自小规模纳税人，也只能开具 3%的增值税专用发票；部分材料无法开具增值税专用发票或者根本没有发票，如沙土、碎石、砖瓦等地材，往往由被施工所在地的个体工商户或自然人垄断经营，这些纳税人不具有开具增值税专用发票的资格，甚至无法开具发票；
还有一种较为常见的现象，就是一些工程项目的主材及部分设备是由建设方采购并开具发票，建筑施工企业无法取得发票。这些实际情况都会给建筑施工企业增值税进项税抵扣带来一定的难度。
2、临时租用的各种机械设备和车辆无法取得进项。
建筑施工企业使用的机械设备主要来源于企业自购和经营租赁。
营改增后，自有设备计提折旧来计入成本，企业计提的设备折旧无法抵扣进项税，只能在购买时一次性抵扣。而租赁行业，在营改增之后，有形动产的经营租赁税率为13%，增加了8%，使得租赁业的税负增加，严重威胁到其生存和发展。
在这种情况下，若设备租赁企业符合转变为小规模纳税人的条件，都会竭力变更，选择简易征收办法按 3% 的征收率缴纳增值税来降低其企业税负。这样建筑施工企业所收到的经营租赁业的发票可以抵扣的进项税额就会减少，导致企业税负增加，从而挤压了企业的利润空间。
3、建筑施工企业人工费
建筑施工企业人工费包括内部职工薪酬和外部劳务费支出，人工费比重约占建筑总成本的 20%，并且是劳动密集型的行业，其中内部职工薪酬无法抵扣进项税，外部劳务分包清包工的税率一般也按简易征收3% 的税率抵扣进项税，对于建筑业9%的销项税额不足以抵扣，也成为了企业税负加重的重要原因之一。
建筑施工企业缺劳务票，实践中工人现金发工资或者公转私，无票或者无进项现象比较普遍。
4、在项目施工过程中发生的一些零星费用难以取得发票抵扣，例如，零星辅助材料、工具的采购，临时人员的施工费用等。
二、发票管理风险较大
建筑业全面实施增值税制度下，对于发票的管理要求极高，财务人员的专业素质和对税收政策的理解程度必须与时俱进，建筑施工项目一般建设周期长，金额大，在施工过程中对于成本发票的抵扣问题，企业承担的税负问题都要求全面进行管理预算，如果采用传统的税收政策，可能造成部分进项税不能抵扣，造成部分环节多缴税。
在一定时期内，项目收入与取得的成本发票不匹配时，有些企业为了增加进项发票的抵扣铤而走险虚开专用发票，一旦出现问题企业将面临补缴税款、滞纳金、罚款和纳税信用等级降级的行政处罚，法人和直接责任人还可能受到管制、拘役、有期徒刑甚至无期徒刑的刑事处罚。
在实际的操作过程中，建筑施工行业的绝大部分的纳税人为小规模纳税人，建筑施工企业设计的经济业务多且杂乱，由于一部分供应商无法提供增值税专用发票，尤其是对于劳务人工、材料购买这方面的业务，往往需要建筑施工企业自己解决增值税专用发票。
部分纳税人为了获取增值税专用发票，甚至要为开不出税票的材料付出较高的代价才能获得。长此以往，必然会增加建筑施工企业的税负风险和运营成本。
小小个体户是如何解决这些问题的
一、解决材料采购，设备租赁以及
其他零星采购无法取得发票的问题
个体户可以申请核定征收，在实际执行过程中各个地方的税务政策不同，有些地方很难申请到核定征收，有些地方不仅可以核定征收还有个税优惠，比如徐州的建筑业个体户可以享受固定0.4%的个税低税率优惠。
二、 解决建筑劳务问题
目前，经中华人民共和国住房和城乡建设部已批准陕西、安徽、浙江、山东、江苏、青海，黑龙江、江西省、贵州省、河南省、山东省、四川省等12个省，推进试点取消建筑劳务资质。从事建筑劳务的劳务公司将在全国全面取消劳务资质是大势所趋，劳务公司将转型为建筑专业作业企业或转型为劳务平台公司，为建筑企业提供合格的建筑工人同时，现有劳务班组或有一定技能和经验的班组长可以成立以作业为主的专业公司或注册个体工商户。
将劳务班组或有一定技能和经验的班组长成立以某一专业作业为主的个体工商户，个体工商户聘用农民工从事某一专业作业建筑劳务。现有建筑企业施工中具有多年实践经验，等农民工，完全可以其户口所在地、经常居住地或建筑用工所在地的市场监督管理部门注册为专门从事钢筋工、模板工、砼工、砌筑工、抹灰工、架子工、防水工、水电暖安装工、油漆工、外墙保温工的专业作业个体工商户。
三、对增值税有一定的抵扣作用
个体户可以自己开具1%或者3%的增值税专用发票，所以受票公司可以依票抵扣。
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