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大部分科研文章的差异分析可视化展示,都不可避免会用到柱形图,在高分文章中更是有着多种样式,甚至是进阶版组合柱形图。虽然图形简单,但架不住它实在好用。

Nat Commun. 2026 fig.4
通过RNA测序识别的差异表达基因上调和下调的数量
在OmicShare平台就有至少4种可直接进行差异分析的工具,在这次工具优化中也对差异柱形图部分进行升级,增加柱形图的在线参数调整功能,可以调整显示断轴效果、显示差异总数柱子、修改配色等,一起实操试试吧。

*后续将继续更新,将差异检验工具中的差异火山图、差异热图等图形都升级为可在同一界面中切换编辑
这里以配对edgeR/DESeq2差异分析工具为例,使用基因表达量数据进行演示。共需要4份文件:
数据文件即常规宽数据格式,第一列为物质名称,第一行为样本名称;
分组文件对数据文件中的样本列进行分组,第一列为样本列名,第二列为分组名称;
比较组文件只能有2列信息,比较计算的顺序为第二列比上第一列;
配对文件不限列数,每列为一组样本重复,每行为一组配对;
*需注意四份文件的样本重复名称、分组名称、配对格式都需一一对应,若有大小写不同、前后缀不同、含空格等情况,都可能造成无法识别为同一个名称而出错;


上传好文件后,根据需求选择edgeR或DESeq2软件,设置好筛选阈值等参数即可提交任务;

运行完成后,可在“项目总览”下载全部结果图表,包含.os格式的原始上传数据、所有比较组的差异柱形图、不同比较组的差异火山图、不同比较组差异基因总表与显著差异基因表;这里的图表样式都是默认参数下的固定样式;

而在图形调整界面,就可以对差异柱形图进行多项参数的修改。
在基础设置中修改字体字号、坐标轴与标题等;在图形设置中修改横纵方向、柱形宽度、整体配色等;特殊参数“开启断轴”“断轴位置”、“显示差异总数柱子”则给柱形图更多灵活展示的空间:

打开断轴效果时,可调整断轴的间隔高度,以及断轴的位置(数值)范围,灵活度高,能随时根据自己的数据修改断轴;

还可以加上差异总数柱子,使差异基因总数直观可读;

超多可调整参数能组合出多种不同样式,大可根据个人审美或根据期刊要求尽情修改~

同样的另外几种差异分析工具都支持柱形图的在线修改,大家可以自行前往操作体验。
OmicShare Tools最新方法学文章已发表iMeta:
发表期刊:iMeta
发表时间:202408
影响因子:23.7
如果您在数据处理过程中使用了OmicShare Tools完成了分析,我们期望您在论文发表时,在方法学部分或致谢部分引用或提及OmicShare平台。
引用OmicShare Tools的参考文献为:
Mu, Hongyan, Jianzhou Chen, Wenjie Huang, Gui Huang, Meiying Deng, Shimiao Hong, Peng Ai, Chuan Gao, and Huangkai Zhou. 2024. “OmicShare tools: a Zero‐Code Interactive Online Platform for Biological Data Analysis and Visualization.” iMeta e228. https://doi.org/10.1002/imt2.228
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