当增值税一般纳税人办理增值税纳税申报后，对纳税申报表上既有期末留抵税额、又有增值税欠税的，可以通过电子税务局办理增值税留抵抵欠，以期末留抵税额抵减增值税欠税。
1.以企业业务登录电子税务局网页版，在首页上侧位置点击【我要办税】，也可使用搜索栏搜索关键字查找。
2.进入页面后，点击左侧【一般退税管理】栏目，点击该栏目下的【增值税留抵抵欠】。
3.跳转至【增值税留抵抵欠】界面后，系统会自动带出纳税人的留抵信息、欠税信息、呆账税金信息等。仔细核对。注意：若有多条欠税，将按照欠税发生时间先后顺序依次抵缴。不能自由选择抵缴哪些欠税。
4.确定以上选择后点击【提交】，查看系统审核结果。
5.审核结果分两种情况：（1）若申请信息符合系统智能审核规则，则进入“办理成功”界面，留抵抵欠流程自动办结。可查看申请资料和相关电子文书。
（2）若信息不符合智能审核规则，系统则提示“提交成功”。由税务人员在收到办理留抵抵欠消息提醒后，于核心征管系统发起留抵抵欠审核流程。可通过进度查询查看办理进度。
注意：完成增值税留抵抵欠后，在增值税留抵税款流水账记录留抵税款减少额。在进行下一期增值税申报时，增值税及附加税费申报表附列资料二（本期进项税额明细表）第21行“上期留抵税额抵减欠税”会自动带出本次留抵抵欠金额，主表第14行“进项税额转出”会自动带出附列资料二中第21行数据。
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