今年以来，全国税务会议多次明确要求严查虚开发票、骗取出口退税、骗享税费优惠等行为。其中科技型企业在此类问题上税务风险尤为突出，从实际情况看，2026 年已有大量该类企业被稽查。接下来，聚恒将根据真实税务稽查案例及服务企业经验，在第四季度初，给大家讲解分析一下，最后3个月，企业赶快进行税务合规。
政策大力支持科技创新！
强化税务监管
2026年全国税务工作会议明确提出，既要落实支持科技创新和制造业发展的各项优惠政策，也要依托税收大数据和八部门联合打击工作机制，严查虚开发票、骗取出口退税、骗享税费优惠等行为，确保税收优惠真正落到实打实做创新的企业手里。
聚恒先给大家理清楚科技企业当前能享受的核心税收优惠。
研发费用加计扣除比例长期按 100% 实施
高新技术企业享受 15% 的企业所得税优惠
软件企业可以享受增值税即征即退优惠
技术开发和技术转让服务可免征增值税等
2026 年税务还新出台了十五五期间科技创新进口税收政策，符合条件的可以免征进口关税和进口环节增值税。
今年10 月中央还再次提出，鼓励科技型中小企业加大研发投入，提高企业研发费用加计扣除比例。根据官方数据，2026 年上半年支持科技创新相关的减税降费退税合计达到 1.91 万亿元。
但从税务总局今年连续曝光的案件来看，大量科技型企业因为违规享受税惠被税务稽查立案，千万级别的处罚频频出现。其实现在税务监管的逻辑已经转向风险导向和大数据动态监控。税务、科技、市场监管、银行、知识产权局等多个部门早就实现了数据互通，税务部门可以直接通过研发投入、专利、人员、收入、银行流水等多维指标交叉比对，快速识别异常。
2026科技型企业高频税务风险
近期也有不少企业老板反复问我们，科技型企业具体面临哪些税务风险。聚恒下面将结合目前公开的税务稽查典型案例，给大家梳理清楚。
专精特新、高企资质注水，资格被取消
我们发现今年有大量高新技术企业、专精特新企业、科技型中小企业、创新型中小企业，因为关键认定指标不达标，被税务及科技部门取消了相关资质。
比如，2026年7月深圳一次性取消的 68 家专精特新中小企业，创新型中小企业，就是因为在税务核查中被发现营收、研发投入不达标，导致丧失税收优惠，且3年内不得重新申报。
据不完全统计，2026年全国累计取消高企资格超5400家，企业资格一旦被取消，不光会被追缴全套税惠，还可能加收滞纳金罚款。
研发费用不合规，违规享受研发加计扣除
研发费用一直是科技企业税务稽查的重灾区，今年税务机关通报的十几起研发费用违规案例里，科技型企业就占了大概一半。
1）其中研发费用占比异常是非常高发的风险隐患，比如研发费用占比突然激增，或者人工费用，直接投入费用远超行业水平，都会引发税务预警和稽查。
2）此外科技型企业人工成本普遍偏高，很容易出现人员人工费用虚增的情况，比如将行政、销售、生产工人计入研发费用。
3）软件企业还容易错误将云台租赁费计入研发。年初税务报公开过一起案例，南京一家软件企业错将云平台租赁费纳入研发加计扣除范围，被调减90万。
4）另外委托研发不合规的问题也很突出，比如西藏慧业医药科技就是因为外购技术伪装成委托研发，补罚了1715万。
软件企业增值税即征即退的合规风险
不少软件企业对即征即退政策的边界把握不准，很容易踩坑。比如嵌入式软件的软硬件收入拆分不合理，人为抬高软件部分的销售额来多退税款。还有的企业软件产品登记证书、检测资料留存不全，后续核查时无法提供证明材料，都容易带来风险。
关联交易与技术开发的免税风险
很多企业关联方之间的技术转让、授权定价不公允，通过低价或者高价转移利润，这会触发税务调整。
还有技术开发免征增值税适用错误的情况。有的公司把软件运维、普通技术咨询包装成技术开发合同来享受免税待遇，还有的技术合同没有做科技部门的认定登记，都会带来巨大隐患。
收入隐匿、虚开发票
部分企业通过个人账户、微信、私卡收取技术服务费、软件授权费，隐匿收入，不申报增值税与企业所得税。还有的企业找第三方虚开发票，虚抵成本进项，这些行为都很容易触发税务稽查风险。
政府补助涉税处理错误
在实践中，专精特新、高企、科技型中小企业都会拿到政府发放的各类财政性奖励、专项扶持资金，如果处理不当也会引发税务风险。比如全部作为不征税收入核算，没有区分不同的条件要求。或者作为不征税收入对应的成本费用，仍然在税前扣除甚至加计扣除。
2026税务稽查大数据预警指标
税务机关不再是简单看申报表，而是多维度数据交叉比对，一旦企业出现以下异常指标，极易触发税务预警与稽查。
高新等科技企业资质不达标
以高新技术企业为例，高企认定主要涉及三项核心硬指标，而且需要持续达标，否则就会被取消高企资质。
1）研发费用占比不达标，比如营收在5000万元以下的企业，研发费用占比不足5%。营收在 5000万元到2亿元之间的，研发费用占比不足4%。营收在 2亿元以上的，研发费用占比不足3%。
2）还有高新产品收入占比不足60%，或者人为拆分收入，把普通产品收入包装成高新技术产品收入。
3）以及科技人员占比不足10%，用生产或者后勤人员充当科研人员。
研发费用加计扣除异常
1）比如公司研发费用占成本比例异常偏高。
2）企业研发投入巨大，但没有专利成果转化。
3）研发人员费用或者直接投入费用占比过高。
4）研发形成的产品销售后，没有冲减对应的材料费用。
之前聚恒也对研发费用相关指标做过详细解读，企业可以去看我们之前发布的研发费用加计扣除13个重点税务风险指标。
资金与发票链条异常
比如公司大额研发服务费付给关联个体户或者新成立的空壳企业。资金出现回流，对公支付后资金又转回企业股东或员工的个人账户等。
税惠享受的证明性资料缺失
比如企业委托研发合同、技术转让合同没有完成科技部门登记。没有按照《企业所得税优惠事项管理目录》(2017年版)中规定留存相关资料备查。
科技型企业税务合规建议
今年只剩最后三个月，这也是年前科技型企业主动自查整改的黄金时段。聚恒建议企业一定要把税务合规做在前面，重点做好五件事。
第一件是复核各类科技资质指标，对照高企、专精特新的认定要求，核对研发人员占比、研发投入比例、知识产权有效性，提前清理指标缺口，避免资质被取消连带追回税收优惠。
第二件是重点关注研发费用这块税务稽查重灾区，补齐研发项目立项书、人员工时记录、设备使用台账等备查资料，杜绝虚增研发费用、混同生产与研发支出的情况。
第三件是抓住最后三个月的时间合规享受政策优惠。具体的优惠内容可以参照我们之前整理的专精特新、高企、科技型中小企业税收优惠政策全汇总 2026 版。
第四件是做好发票管理，严控发票全环节管理，严格审核发票开具、取得、抵扣的各个环节，杜绝不合规发票入账抵扣。
第五件是规范关联交易。关联研发、技术转让的定价要符合独立交易原则，留存同期资料，避免人为调节利润。
严查下，税务合规已是所有企业现在以及未来一定要做的事。聚恒财税，作为企业身边的财税陪伴者，一直陪伴企业把税务合规做在前面，在平时就提前化解税务风险，把政策用优惠得更稳，如果您有任何问题都可咨询我们。
编辑：聚恒财税
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