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Atera 系列往期文章：
重磅上线 | 奥智生物 10x Atera 原位全转录组平台预定通道正式开启！
Atera 发布 2 个月了，我们整理了老师们问得最多的 5 个问题。
Atera 首秀：全转录组原位如何把乳腺癌切到 11q13 扩增和侵袭前沿有丝分裂灶
6张图看懂 Atera：宫颈癌的24种细胞类型和免疫生态位是怎么被拆出来的
侵袭前沿、11q13扩增、四个新TME标志物：Atera首秀给肿瘤临床研究的 3 个提示
一份预印本，把 Atera 的可靠性钉在了 RNA+DNA 双层面
前 5 期我们讲了 Atera 全转录原位的价值、AACR 乳腺癌 / 宫颈癌、斯坦福 WGS 正交验证，以及“全转录 vs Xenium / Visium 怎么选”。这一期回到最落地的事：老师把蜡块寄过来之前，到底按什么标准准备，才能少返工、少脱片、少浪费珍贵样本。本文依据 10x 最新 Atera 样本准备 / 参数文档，整理成“送样前核查清单”。
奥智生物已全面对接 Atera 平台国内服务，宫颈癌/乳腺癌/其他实体瘤 FFPE 队列均可承接。扫码提交研究方向，免费为你们评估 Atera 课题可行性。
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样本区域及其尺寸如图1所示。有效检测的区域在规则的 16mm*36mm 的基础上，上方还有一个不规则的梯形区域。加起来面积约为 6.05 cm2，比官方一开始透露的检测区域面积略大一点（最初透露的面积是 15mm*35mm=5.25cm2）
为确保组织放置在样本区域内，10x Genomics 建议使用附带的组织对齐工具（Tissue Alignment Tool，货号 PN-1001176）。Atera 组织对齐工具（Tissue Alignment Tool，货号 PN-1001176）用于在载玻片背面绘制样本区域，以辅助组织摆放（图2）。
由于检测区域较大，大部分项目都涉及拼片，组织必须落在检测区内；区外不分析，运行中可能受损。同片多切片：各片间距 ≥ 1 mm，不重叠，以最大程度确保在仪器运行过程中每个切片都能被单独识别为一个区域。
官方目前测试验证过的玻片如下表。建议只选择 Schott Nexterion Slide H - 3D Hydrogel Coated Slides 和 Tissue Adhesion Slide 这前两款，从而减少脱片的风险。后两款脱片的风险也相对较大。至于其他官方没有验证过的玻片，现阶段就不要考虑了。
皮肤、脂肪、TMA、乳腺、结肠、高结缔/纤维化组织请按高风险流程处理。骨样本建议先小样试跑，评估脱钙后 RNA 质量再扩大。
❸ FFPE 贴片后 42℃ 烤片约 3 小时，随后放入室温干燥器保存；极难贴附组织可在烤片前室温过夜；FF 贴片后需立即 -80℃ 冷冻，禁止室温干燥；
❹ 高脱落首选 Nexterion H 或 10x Tissue Adhesion 这两款玻片；
❺ 脱蜡、去交联、过夜杂交全程少震动；卡匣操作只碰标签端；
❻ 正式大批量前，珍贵样本先 1–2 片试跑，看脱落区和转录本密度再扩样。
建议：对多年蜡块、临床小标本、TMA，不要直接全片正式运行；试片成本远低于整批重做。
💠 固定规范：FFPE 离体后尽快用 10% 中性缓冲福尔马林固定，按组织厚度规范固定后脱水包埋；避免欠固（自溶、RNA 降解、形态不清）和过固（过度交联、去交联不完全、转录本密度低）。
💠 延迟固定：10x Xenium 小鼠脑 PoC 显示，4℃ PBS/media 延迟 0/3/7/14 天再固定，每细胞中位转录本随延迟下降（立即约 223–236，3天约 128，7天约 76，14天约 72）；Atera 未直接验证，但同属原位 RNA 平台、预期类似，建议“尽快固定”。
💠 报告基因：GFP/RFP 等酒精敏感荧光蛋白在 Atera 乙醇/甲醇步骤可能丢失，内源荧光通常不保留；检测蛋白可用连续切片 IF/IHC 或在 Atera 后试用 IF/IHC（未全支持，需试点）；不推荐 Atera 实验前，同片拍荧光。
💠 老蜡块：不按年份一刀切，先做 DV200+HE+DAPI；DV200≥50% 理想，30–50% 可做但低丰度风险，<30% 不推荐常规 WTA/Select，仅可小片试点评估。
官方已测 FFPE / FF 包括乳腺、结肠、肺、皮肤、卵巢、肾、肝、淋巴结、扁桃体、睾丸、前列腺、胰腺、脾、脑、心脏等；其中乳腺、结肠、皮肤高脱落 / 高纤维，要注意脱片问题。
● 小样本队列：多蜡块拼同片，≥1mm 间距，按癌 / 旁 / 正常分区域；
● TMA：先确认芯径和片数，统一 WTA 或 Select；
● 大切片单病：如全乳切、全宫颈，按侵袭前沿 / 缺氧 / 分化区拆分多个 Region；
● 治疗前后配对：连续切片同片或相邻片，保证空间可比。
A：先看 DV200 和 HE；≥50% 理想，30–50% 可用但低丰度可能降，＜30% 不建议 WTA。老样本建议多备 10–20% 冗余。
A：走拼片，多客户 / 多蜡块同片，按实际面积计费；小样本也能上 Atera。
Q4：Xenium 5K 已经做了部分样本，Atera 怎么衔接？
A：新发现用 Atera WTA 补全转录；同组织连续切片做迁移注释。
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