这次使用中，我最想分享的是写作之前的几轮讨论。聊到后来，我把原先放在课题中心的机制，调整成了需要根据实验结果再决定是否深入的候选机制。研究要先回答什么，也跟着变了。
我最初的方向是高叶酸暴露、代谢与糖基化重塑、结直肠癌干性及化疗抵抗，其中涉及 MOGS、NOTCH1 等环节。这个方向已经带着我的预设。我想看看，连续和 AI 讨论下去，它能不能帮我检查这些预设，找到值得做、也有办法验证的科学问题。
在这次使用里，我把 dot 当作一个围绕同一课题持续协作的科研助手。从核对证据到修改实验设计，前一轮没有解决的问题，会成为下一轮继续追问的内容。等这些事情逐渐清楚，再让它整理成报告。
下面的提示词根据这次实际过程重新整理，做了简化，方便大家按自己的课题修改，并非当时聊天的逐字记录，大家可以自行复制，按自己的课题方向修改后直接使用。
我给 dot 的第一项任务，是先理解课题。正式写作暂时放在后面。
从现在开始，你担任我的长期科研助理。请先理解我的课题和已有资料，暂时不要写开题报告正文。后续的重要判断，都要注明属于已有直接证据、基于证据的合理推断，还是尚待验证的研究假说。不要为了支持我的原始假说而选择性寻找证据。请主动查找反例和相互矛盾的结果。发现创新性不足、证据缺口或课题逻辑有问题时，直接指出。
我特别在意“不要选择性寻找证据”这一句。
手里有了一个机制设想以后，查文献很容易沿着自己希望的方向走。一篇文章研究上游分子，另一篇讨论下游通路，再找到一篇与耐药相关的论文，几段证据就被连成了一条线。
但这些研究可能用了不同的疾病模型，暴露条件也不一样。每一篇论文的结论都有适用范围，连接它们的那几步，仍然需要单独验证。我希望 dot 把这些缺口指出来，允许讨论停在“这里还没有直接证据”。
接下来，我又补充了一件会影响整个设计的事。
原有材料里有一些标书前期研究图，用来展示研究设想和技术路线，本课题并没有完成图中对应的预实验。我明确告诉它，这些图只是方案示意，后续要按尚无预实验数据来设计。
一张图画得完整，并不能让图中的结果提前成立。
如果把示意图当成已有数据，后面就会直接讨论下游机制。可在这个课题里，我们首先需要确认，高叶酸暴露是否会产生稳定、值得继续研究的治疗相关表型。连这一步都没有弄清楚，就很难判断是否值得投入更多资源。
因此，我给这一轮整理了一个专门检查材料的提示词。
请先检查我提供的材料，逐项注明它属于原始实验数据、已发表文献证据、方案示意图、预期结果，还是尚未获得的数据。方案示意图、机制图和预期结果，都不得写成本项目已经取得的研究基础。如果目前没有可靠预实验，请按无预实验数据重新安排研究顺序。
这一步需要研究者自己把关。图从哪里来、当初为什么制作，提供材料的人最清楚。交给 AI 时，也要把这些信息一起交代。
材料身份明确以后，我仍然没有让 dot 开始写背景。我先问它，这个课题值不值得做。
当时，我要求它检查七个方面。先梳理领域里已经解决和尚未解决的问题，再看主要争议与知识空白。回到我的方案，则重点检查假说哪里薄弱，哪些实验容易被专家质疑，再讨论可能形成创新的位置。
这些问题需要一起看。一个研究方向有争议，不等于我的实验就能回答争议；一个环节没有研究清楚，也要继续判断，弄清它会带来什么新的认识。
在撰写开题报告之前，请先评估这个课题的立题价值。结合已有研究，梳理已解决的问题、尚存争议和明确的知识缺口。再检查当前假说的薄弱处，指出最可能被开题专家质疑的实验，并说明可能成立的创新点及其依据。最后给出判断，这个课题适合继续、收窄，还是需要调整科学问题。不要默认我提出的方向就值得做。
接着，我让 dot 建立 Evidence Map，也就是证据地图。
我要求表格至少包含六列，分别记录科学问题、当前证据、核心文献、支持与反对证据、证据强度，以及尚未解决的问题。每一行只评价一个具体命题。
在这个课题里，“高叶酸对肿瘤的效应依赖 MOGS”就是需要单独审查的命题。找到一篇关于叶酸的论文，再找到一篇关于 MOGS 的论文，还不足以回答这个问题。研究用的模型是否相符、实验条件能否比较，都要放回去看。
NOTCH1 也是一样。几个分子各有相关研究，不能据此认定它们在我的课题里已经构成完整因果关系。
请针对本课题建立 Evidence Map，每一行只评价一个明确的科学命题。表格包含科学问题、当前证据、核心文献、支持与反对证据、针对该命题的证据强度，以及尚未解决的问题。请标注研究模型、实验条件和结论可以外推的范围。证据强度按文献对当前命题的直接支持程度判断，不按期刊影响因子评级。不同模型中的分段证据，不能直接拼成完整因果链。
整理到这里，我才有条件继续问，哪些问题值得优先投入。
我向 dot 提出了这次讨论中最关键的一问。
暂时不考虑我原来的假说，这个课题最值得回答的三个科学问题是什么？
如果我一直围绕 MOGS 和 NOTCH1 追问，它接下来的工作就会集中在补充这条机制。把原来的假说暂时放下，才有机会比较其他研究方向。
这一轮之后，课题的重点发生了变化。我开始把问题放到化疗后残留下来的肿瘤细胞，以及这些细胞的再生能力上，追问不同叶酸形式和暴露时序是否会影响这一过程。
如果确实存在影响，还要进一步区分原因。它可能涉及直接药理作用，也可能与可逆的细胞状态变化有关。另一个需要检验的解释是，化疗选择出了原本就存在的耐受克隆。
MOGS 和 NOTCH1 仍然保留在方案里，但后续是否深入，要取决于前面的表型验证和判别实验。免疫研究则被放在条件性拓展的位置，需要相应的动物模型、免疫研究条件和平台支持。
根据已经整理的 Evidence Map，暂时放下原来的机制假说，重新选择三个值得优先回答的科学问题，并比较它们的研究价值。对每个问题，说明已有直接证据和知识缺口，提出一个可被证伪的假说，再给出最关键的实验。请讨论可能出现的不同结果，以及结果不支持假说时的替代解释。选择问题时，要说明回答它能增加什么认识，不要以补全原有机制为默认目标。
这次调整也改变了实验的顺序。原先想深入的分子环节，要等更基本的问题得到回答后，再决定做不做。
随后，我继续追问实验出现不同结果时该怎么办。
一个方案如果只写结果符合预期时的下一步，执行起来会留下很多空白。结果相反时要先检查什么，没有效果时是否还值得继续，都应该在设计阶段讨论。
在这次方案讨论里，我要求 dot 围绕几种可能结果安排判别实验。例如，效应是否只在叶酸与化疗药物同步存在时出现，撤除暴露后能否恢复，以及治疗后是否有特定谱系长期富集。这些观察可以帮助安排后续验证，但单独出现任何一种，都不足以确定机制。
仅凭某个干性标志物升高，也很难区分这些解释。实验需要给出能够进一步判断的结果。
针对每一个研究目标，请写明主要终点和关键对照，列出需要区分的机制解释。分别说明哪些结果支持或反对当前假说。出现阴性结果后，先排查哪些技术因素；排查后仍不支持假说，应当怎样调整研究。请给出继续深入这一机制所需的条件，以及停止这一研究分支的条件。每个关键实验都要说明，它能帮助区分哪几种解释。
我希望每一个实验做完，都能帮助决定下一步。
有了继续与停止的条件，后续讨论就更具体了。某个分子可以暂时保留，也可以在证据不足时退出主要研究内容，不必因为最初写进了题目，就一路做下去。
直到这些问题讨论过，我才让 dot 开始写完整的开题报告。
我把报告需要覆盖的内容一次性交代清楚，包括研究背景与现状、科学问题和研究假说。研究目标确定后，正文还要写清实验设计与技术路线，并交代创新点、可行性、风险及替代方案，最后安排研究计划和参考文献。
这一轮的写作要求也需要承接前面的判断。
请根据前面已经讨论并确认的研究方案，撰写完整的博士开题报告，生成可编辑的 Word 文档。全文按本项目尚无预实验数据来写。保留证据、推断与假说之间的区别，预期结果不得写成已完成的发现。MOGS／NOTCH1 按候选机制处理，免疫研究作为条件性拓展。把竞争性解释、停止条件和替代方案写入相应研究内容，并保持正文、技术路线和研究计划一致。
最终报告把研究重点放在了叶酸暴露形式与时序如何影响结直肠癌化疗后的残存与再生。最初的分子机制设想，成为需要根据前期结果继续筛选和验证的一部分。
前面提到的 23 页和约 1.4 万汉字，只说明文档的规模。这份报告还需要经过导师和课题组讨论，实验设计也要根据实际平台、样本、人员与经费修改。方案里的 36 个月是相对研究计划，具体起点和实施条件仍需落实。
对我来说，验收这份文档时，还有几件事必须逐项核对。重要文献要打开原文，确认它是否支持正文中的具体判断；涉及相关性和因果关系的表述，要与实际证据对应。实验部分则要检查功能验证是否充分，已有条件能否支撑计划，伦理要求是否得到落实。
这些工作仍然需要研究者和研究团队负责。这次讨论也只涉及研究设计，不能据此推导患者应当补充或限制叶酸。
我已经把这次使用的提示词按实际顺序整理成了一套「硕博士开题 AI 提问模板」。文章里保留了各轮讨论的主要问法，完整版本还包括怎样检查文献证据、拆分研究目标，以及验收最终报告。
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拿到模板后，可以先带着自己的课题和已有材料，做完第一轮证据检查。那些暂时回答不出来的问题，就留给下一轮讨论。
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