集装箱运输涉及以下10种核心单证：
(1) 订舱单
订舱单是船公司或承运人接受发货人（托运人）口头或书面申请后制作的单证，用于记载货物托运详情并安排集装箱运输。主要内容包括货名、件数、包装式样、标记、重量、尺码、目的港、结汇期限、转运期限及是否允许分批或转船运输等。
(2) 订舱清单
订舱清单由船公司或其代理根据订舱单内容编制，是不同货物的交接地与装卸地一览表。
(3) 装箱单
装箱单是唯一详细记载每个集装箱内货物名称、数量及积载情况的单证。在集装箱运输中，它是货物申报与交接的依据，所载货物和集装箱重量也是计算船舶吃水差和稳性的基本数据。此外，该单证还是发生货损、货差时处理事故索赔的原始依据之一。
(4) 批注清单
当集装箱码头堆场或货运站接收货物发现异状时，需将异状内容及程度记载于场站收据备注栏，并据此编制的单证即为批注清单。
(5) 装货单
装货单是经承运人或其代理人签章的单证，既是办理货物托运的凭证，也是通知船上接受并装载承运货物的凭证。
(6) 装货清单
装货清单由承运人或其代理人根据本航次托运货物，按到港先后次序及性质归类汇总而成的装货单总表。
(7) 提单
提单是集装箱运输经营人或其代理人在收到或接管货物后签发给发货人的凭证，证明货物已被接收或装船，并承诺在指定港口向正当持有人交付货物。它是有价证券，也是运输合同证明，体现了货物权利，通常通过背书流通，是押汇票据的主要附属单据。提单分为已装船提单和收货待运提单。
(8) 空箱交接单
空箱交接单是货主使用船公司集装箱时填写的单证，船公司据此指示保管人向持有人交付空箱。
(9) 保函
在集装箱运输中，若货物或集装箱在接收前已发生损害并被详细记载于场站收据，进而转移至提单构成不清洁提单时，通常需出具保函以明确责任与处理方式。
(10) 集装箱货物托运单
集装箱货物托运单是由托运人（发货人或货运代理人）根据买卖合同和信用证条款规定，向承运人或其代理人办理货物运输的书面凭证。