纽约大都市区拥有全美最繁忙的机场系统，是核心国际门户。该系统由约翰·F·肯尼迪国际机场(JFK)、纽瓦克自由国际机场(EWR)和拉瓜迪亚机场(LGA)三大枢纽组成。
2018年，纽约三大机场旅客吞吐量达1.38亿人次，同比增长4.5%，较2009年增长32%。同年夏季，日均航班起降量达3700架次，平均每24秒一架飞机起降。其中，JFK占比39%，EWR占比34%，LGA占比27%。
肯尼迪国际机场(JFK)
JFK位于皇后区，距曼哈顿约30公里，是纽约大都会区主要国际机场及北美最繁忙的国际航空客运门户。作为全球第22、全美第6繁忙机场，JFK也是纽约机场系统中吞吐量最高的枢纽。
2018年，JFK旅客吞吐量超6190万人次，年起降45.5万架次。近100家航司在此运营，通达50个国际目的地。机场占地21平方公里，设有6座航站楼、128个近机位及4条跑道（两对平行），是美国航空、达美航空的枢纽基地及捷蓝航空的主要运营基地。
预计2020年JFK年客运量将达7500万人次，2050年突破1亿人次。2018年10月公布的130亿美元扩建计划包含两座新国际航站楼：一座由汉莎、法航、大韩及日航联合出资70亿美元建设，设23个登机口；另一座由捷蓝航空投资30亿美元开发。该项目预计2025年完工。