深圳地处南海之滨，位于粤港澳大湾区核心地带，依托经济特区及珠三角强大的制造业集群，港口实力位居全国前列。2013至2016年，深圳港连续四年蝉联全球国际海运集装箱港口第三位，仅次于上海港与新加坡港。
目前，深圳港已形成由蛇口、赤湾、妈湾、盐田、东角头、福永、沙鱼涌、下洞及内河九大港区组成的现代化港口体系。
一、盐田港：远洋班轮密度最高的单一港区
盐田港是全国集装箱吞吐量最大的单一港区，也是中国大陆远洋集装箱班轮密度最高的单体集装箱码头，在国际航运网络中占据重要枢纽地位。
二、蛇口半岛港口集群：华南重要集散与中转中心
该集群涵盖蛇口港、赤湾港、妈湾港及东角头港，功能互补，协同发展。
1. 蛇口港
位于蛇口半岛南端，是中国最大的转运中心之一，也是华南地区重要的粮食、建材集散地及内贸集装箱中转口岸，同时拥有深圳规模最大的客运码头。港口可同时靠泊10艘万吨级以上船舶，最大可停靠10万吨级散货船，锚地可靠泊12.5万吨级散货船。
2. 赤湾港
紧邻蛇口港，属河口良港，兼具内河船舶与远洋深水巨轮靠泊能力。
3. 妈湾港
主营散杂货、液体化工品、油品及煤炭等业务。港区面临珠江矾深水航道，天然水深9至14米，含沙量少。现有泊位11个，其中万吨级以上深水泊位6个，最大靠泊能力5万吨级，货物综合吞吐能力达1149万吨，码头岸线总长2543米。
4. 东角头港
亘富康信集装箱码头位于蛇口港与深圳湾跨海大桥之间，目前正处于建设阶段。
三、福永码头：空港联动的水陆联运枢纽
深圳机场福永码头位于宝安国际机场西南角，距新航站楼仅2公里，车程约5分钟。陆路连接宝安大道、广深沿江高速及机荷高速；水路距港澳约70分钟航程，距香港机场码头约40分钟。主要业务涵盖装卸搬运、仓储联运、外轮供应、集装箱维修及物业管理等综合服务。
四、葵涌港区：石化产业出海通道
包含沙鱼涌、下洞两个码头，背靠土洋和下洞石化区，是该区域核心的出海物流通道。