目的港海关认定货物低申报并处以罚款时，责任归属是跨境海运纠纷的焦点。综合法律关系、操作责任及行业惯例，罚款原则上由申报义务人即卖家（货主）承担；特定情形下货代需分担责任，船公司一般免责。
货主承担第一主体责任
依据国际贸易规则与海关法，货主对货物真实价值、品名、数量及材质负有最终如实申报义务。无论是否委托货代代办清关，低申报根源在于货主未提供真实信息或授意低报避税，故海关罚款通常由货主承担。多数海运条款亦明确约定，因申报不实产生的罚款、滞港费及仓储费等均由发货人或收货人负责。
货代担责取决于过错认定
货代是否承担责任，核心在于是否存在主观过错或操作失误：
明知违规协助低报
若货代明知货值不实仍主动建议、协助低申报，甚至伪造发票、篡改货值导致罚款，存在明显过错，需与货主共同承担责任。
已尽风险提示义务
若货代已明确提示风险，但货主坚持低报，则责任完全由货主自行承担。
非主观故意误报
若货代因操作失误将真实价值错误填报为低值，虽非主观故意，仍需对误报部分承担相应罚款责任。
船公司通常免责及特殊情形界定
船公司仅负责运输环节，不参与清关申报且不审核商业发票与货值真实性。只要舱单信息与提交资料一致，船公司便无过错，无需承担海关罚款。
实务中，若目的港海关因价格质疑认定低申报系海关估价系统与卖家申报差异所致，而非货主故意低报，罚款仍由货主承担。海关估价具有强制性，卖家可通过申诉或提交资料抗辩，但不能将责任转嫁给物流方。
此外，“包税渠道应承担罚款”的认知并不准确。包税仅为税费结算方式，不代表货代承担违规申报后果。若因货值不实被罚，包税货代同样有权向货主追索罚款。
规避低申报罚款的最稳妥方式，是如实申报货值并保留完整采购与交易凭证。遇到海关估价差异时，应及时提供证明材料进行抗辩，从源头降低合规风险。