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这么好用的序列展示工具,为啥不早点告诉我

这么好用的序列展示工具,为啥不早点告诉我 SCIPainter
2026-10-05
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导读:小白必存!

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核酸、蛋白质序列可视化工具可用于展示碱基、氨基酸排布,标注保守区、突变位点、结构域等,在基因克隆、同源比对、突变分析,辅助分子实验设计等领域应用广泛!接下来汇总整理了10个常用的序列展示工具,希望对大家有帮助!

01

NCBI Sequence Viewer


NCBI官方推出的图形化序列展示工具,可展示核酸和蛋白质序列的编码区、外显子、变异位点等注释信息,支持缩放、标记和自定义显示。工具无需安装,可在NCBI页面中直接使用。


工具链接:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/sviewer/

02

UCSC Genome Browser


基因组可视化的老牌工具,支持约50个物种的基因组线性可视化,可查看DNA序列、基因注释、调控元件等。 


工具链接:
https://genome.ucsc.edu/

03

IGV


Broad Institute开发的交互式基因组可视化工具。支持NGS测序数据的可视化展示,可查看BAM、VCF、BED等多种格式。无论是RNA-seq的reads覆盖还是变异检测结果,都能直观呈现。


工具链接:
https://igv.org/doc/desktop/

04

Jalview


Jalview 是一款免费跨平台软件,用于多序列比对的编辑、可视化与分析。你可借助该软件完成序列比对、查看及编辑操作,结合系统发育树、主成分分析图表开展比对结果分析,同时还能浏览分子结构与注释信息。


工具链接:
https://www.jalview.org/

05

InterProScan


用于预测蛋白质序列的功能和结构域的工具。以页面自带的范例蛋白序列为例,点击Search按钮进行分析,得到的分析结果如下。


工具链接:
https://www.ebi.ac.uk/interpro/search/sequence/

06

GSDS分析基因结构


GSDS 是一个实用的显示基因结构的在线工具,只需要输入基因序列就可以绘制基因结构图。


工具链接:
https://gsds.gao-lab.org/

07

ESPript


ESPript 是蛋白多序列比对美化绘图工具,用于可视化保守残基与二级结构。进入网页上传比对文件及 PDB 结构信息,设置配色、标识样式等参数,提交运行。能生成标注保守位点、结构元件的精美比对图,支持多格式导出,常用于分子进化与蛋白结构研究。


工具链接:
https://espript.ibcp.fr/ESPript/ESPript/

08

IBS


IBS (illustrator for biological sequence)是一款生物序列分析可视化工具,提供了丰富的图形元素(如多边形、括号、曲线和折线)用于表示功能元件或调控分子。使用IBS可轻松绘制各种基因、分子结构示意图。


工具链接:
https://ibs.renlab.org/

09

RNAstructure


RNAstructure 是预测 RNA/DNA 二级结构的在线工具。进入网页后选择 Predict a Secondary Structure,输入 FASTA 序列,设置温度等参数,提交查询。结果输出最小自由能结构及可视化配对图,可导出图像文件,用于 RNA 功能与结构研究。


工具链接:
https://rna.urmc.rochester.edu/RNAstructureWeb/

10

Adobe illustrator


使用Adobe illustrator的矩形工具、钢笔工具和文字工具基本可以完成可变剪接示意图的绘制,方法很简单!


工具链接:
https://gsds.gao-lab.org/

详细教程:
如何绘制好看的可变剪接示意图?

好啦,本次的核酸蛋白序列展示工具就分享到这里啦!

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