食品检测的指标主要包括食品的一般成分分析、微量元素分析、农药残留分析、兽药残留分析、霉菌毒素分析、食品添加剂分析和其他有害物质的分析等。每一个不合格项目的检出，也代表该食品中含有对人体不利或有害的成分，需要引起我们足够的重视。
大肠菌群、菌落总数是生物污染性的重要指标。多数食物中毒是由生物污染引起的，严格控制生物污染的发生，对食品安全非常重要。微生物指标（如大肠菌群、菌落总数）超标，表明企业产品存在严重的卫生质量缺陷，被致性微生物污染的概率增大。消费者食用大肠菌群、菌落总数超标的食品，可能引起急性中毒、呕吐、腹泻等症状。
金黄色葡萄球菌的产肠毒素菌株污染食品可产生肠毒素，引起食物中毒。金黄色葡萄球菌致病是由其产生的多种毒素和酶，如肠毒素、血浆凝固酶、耐热核酸酶，还有表皮剥脱毒素、毒性休克综合毒素Ⅱ等，可引起感染化脓性疾病、内脏化脓性疾病、败血症、脓毒血症及毒素性疾病。
霉菌和酵母可造成食物的腐败变质，并可能使食品表面失去色、香、味。有些霉菌能够合成有毒代谢产物－霉菌毒素；酵母在新鲜的和加工的食品中繁殖，可使食品发生难闻的异味，它还可以使液体发生混浊，产生气泡，形成薄膜，改变颜色及散发不正常的气味等。
二氧化硫对食品有漂白和防腐作用，是食品加工中常用的漂白剂和防腐剂。人如果食用了二氧化硫超标的食物，易出现头晕、呕吐、恶心、腹泻、全身乏力、胃黏膜损伤等，严重时会伤害肝、肾等脏器，引起急性中毒。
亚硝酸盐有很强的毒性，中毒剂量为0.2g－0.5g，剂量过大可中毒致死。亚硝酸盐进入人体后，可使血中低铁血红蛋白失去运氧的功能，致使组织缺氧，出现青紫而中毒，出现口唇、舌尖、指尖青紫，重者眼结膜、面部及全身皮肤青紫，恶心、呕吐、绞痛、腹泻，严重者昏迷、惊厥、大小便失禁，可因呼吸衰竭而死亡。
苯甲酸、山梨酸、脱氢乙酸钠属于防腐剂，被用来抑制食品中微生物的繁殖，以延长食品保质期。长期食用含过量防腐剂的食品会破坏人体肠道正常菌群的平衡，严重时危害人体的肝脏和肾脏，导致人体肠胃功能、血液酸碱度失调。糖精钠是人工合成的甜味剂，上世纪初就开始应用于食品中。
糖精钠是糖精的一种盐类，虽还允许使用，但目前对其安全性科学界还在进行反复的评价，过量食用对人体可能造成潜在的毒副作用。环己基氨基磺酸钠（甜蜜素）和乙酰胺磺酸钾（安赛蜜）是人工合成的新型甜味剂，它们的甜度是蔗糖的几十倍甚至上百倍，如果摄入过量就会对人体构成危害，特别是对代谢排毒能力差的老人和儿童。
柠檬黄、日落黄、胭脂红均属人工合成色素。人如果长期或一次性大量食用色素含量超标的食品，容易在体内蓄积，对肾脏、肝脏产生一定伤害，长期摄入容易致癌，对处于生长发育期的儿童危害更大。如果色素等食品添加剂的合成过程把关不严，会造成砷、汞、苯酚等有害物质的含量增加，对人体的伤害更大；酸性橙Ⅱ是工业色素，服用后会引起肝脏细胞的损害，促进肝癌的发展，有强致癌性，禁止作为食品添加剂使用。
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