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上周,在《如何让你的电脑自动调动Origin进行绘图?》一文介绍了如何通过WorkBuddy + Editaplot 绘制复杂的密度曲线组合散点图,整个绘图过程省去了大量的重复手动操作,非常轻松!
(Nature Communications,2022)
下面仍以上图NC文章中较为复杂的分组柱状图为例,继续为大家演示如何用WorkBuddy 复现这样的多分组柱状图。
在开始绘图之前,需要先准备好数据文件,如下图,本文的示例数据下载自原文的Source data部分,数据为脱水胁迫(0、2、6 小时)诱导水稻(IRAT109 和Yuefu 品种)幼苗的基因表达情况。
在 WorkBuddy 新建任务,指定好工作文件夹,在对话框中输入如下指令:
基于当前工作空间中的 data.xlsx 数据文件,其中 Gene 列对应横坐标,Relative expression level 列对应纵坐标,参照 1.0.png 的样式(包括配色、坐标轴“中断”范围、文本标签、长宽比例),使用origin复刻这样的分组柱状图,生成png和pdf格式的绘图文件,并保存为"bar.opju"文件
发送指令后,WorkBuddy 就开始自动工作了,你可以在界面上看到它的思考过程。
在绘制过程中,有一些选项需要你手工确认。比如,它会询问你是否在柱状图上叠加散点,如下图,我这里选择选项1,不加!另外,考虑到自动在坐标轴上加 “中断” 也是较为复杂的,这里也选择不加!
整个过程大约数十分钟,做点别的事情回来就发现图已经画好了,如下!
我们可以打开“bar.opju”文件看看绘图效果,如下图,可以看到图例位置明显有问题,其他图形元素的问题不大。
选中图例将字号设置为12,删掉括号中的文本,并直接通过鼠标拖动的方式调整图例的位置,如下图。
然后,双击任一坐标轴,在 Scale 选项窗口中,将坐标轴范围调整为0~50;在Breaks 选项窗口中在Y轴上添加1个Break,如下图,Break 位置取消自动,改为From 5 To 10;另外,点击 Details 按钮,可调整 Break 上半段坐标轴的刻度标签单位;隐藏掉上方和右侧的坐标轴。
如果对 WorkBuddy 给的配色不满意,我们也可以通过 mini toolbar 快速调整分组配色下图。
调整后的绘图效果如下,保存工程文件后,就可以导出 PDF 或 PNG 格式的图片啦!
另外,我们也可以通过 mini toolbar 快速将柱子的描边颜色调整 None,导出后的图片如下:
Editaplot 是专门用于科研绘图的技能,安装方法也非常简单,只需要在WorkBuddy 的对话框中输入:"帮我安装这个skill:https://github.com/hang-jin/editaplot" 即可!
好啦,本次使用 Workbuddy 自动绘制多分组柱状图的教程就分享到这里啦!
Sun X, Xiong H, Jiang C, et al. Natural variation of DROT1 confers drought adaptation in upland rice[J]. Nature Communications, 2022, 13(1): 4265.
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