香花油茶（Camellia osmantha）是一种新近命名的油茶属植物。该物种具有多项经济优势，例如对高温、低温和干旱具有强耐受性，且油料产量高。例如，C. osmantha ‘Yidan’品种在5年生时的年均油产量可达1,590公斤/公顷，远高于油菜优良品种（750公斤/公顷）。因此，C. osmantha在提高山茶油产量和扩大种植面积方面展现出显著潜力。
近日，凌恩生物利用Illumina+PacBio HiFi+Hi-C技术，助力广西林业科学研究院油茶研究团队成功构建香花油茶（Camellia osmantha）同源六倍体单倍型染色体水平基因组，研究成果发表在国际期刊Scientific Data。
主要结果
本研究融合PacBio HiFi测序、Hi-C染色体构象捕获及RNA-seq技术，通过迭代分型组装策略，利用Hifiasm进行初步组装，并经由Purge Haplotigs开展五轮精细分型以拆分高度相似的等位序列；随后利用Hi-C数据将scaffolds挂载至染色体水平。最终将11.08 Gb（占基因组77.05%）的序列锚定至90条染色体，成功构建了同源六倍体油茶的单倍型解析染色体级基因组，解析出6套完整单倍型。组装质量优异：
最大单倍型覆盖基因组大小达2.73Gb，其高质量特征表现为：contig N50为1.69Mb，scaffold N50为166.34Mb，BUSCO完整性评分为95.79%，长末端重复序列（LTR）组装指数（LAI）为14.19。此外，蛋白质编码基因（PCGs）是从最大单倍型中预测得出的。本研究获得的基因组信息将极大促进对油质、油量等经济性状变异机制的理解，并推动栽培油茶的遗传改良工作。
图 山茶属植物（Camellia osmantha ’Yidan’）染色体水平基因组组装（单倍型1）的基因组。
图 基因组注释结果。
图 比较基因组分析
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凌恩生物动植物基因组项目部分项目经验
参考文献
Haplotype-resolved chromosomelevel genome assembly of an autohexaploid oil camellia tree Camellia osmantha. Scientific Data, 2026. https://doi.org/10.1038/s41597-026-06786-3
