位置信息对细胞研究不可或缺。肿瘤边缘的免疫细胞怎么布置、感染灶周围的B细胞如何成熟、不同物种的脑细胞有啥异同——传统测序答不了，但空间转录组可以。凌恩生物搭载华大Stereo-seq成熟平台，在肿瘤、感染、神经与发育方向均有项目积累。下文三篇高分文献，立体展现该技术在动物研究中的实战价值。
案例一
原文标题：Stereo-seq V2: spatial mapping of total RNA on FFPE sections with high resolution
译 名：Stereo-seq V2：高分辨率下在 FFPE 切片上对总RNA进行空间映射
期 刊：Cell
影响因子：50.69
发表时间：2025年8月
作者单位：基因组多维解析技术全国重点实验室（华大）；同济大学附属上海市肺科医院
技术策略：Stereo-seq V2
样本类型：保存9年的TNBC FFPE、结核感染小鼠及人肺FFPE
FFPE样本是临床富矿，但RNA交联降解严重，传统poly(T)捕获常无计可施。该研究以随机引物构建Stereo-seq V2体系，保存9年、RNA完整性极差的乳腺癌样本仍可清晰绘制肿瘤空间图谱，识别肿瘤特异性可变剪接；随机引物能同时无偏捕获宿主与微生物RNA，结核感染肺组织中精准定位感染灶周围的特异性B细胞克隆，为疫苗与抗体研发提供靶标。
图1 Stereo-seq V2揭示结核感染下宿主-病原双套转录动态与BCR克隆（Cell, 2025）色氨酸代谢“踩刹车”：肝癌TLS成熟受阻的元凶
案例二
原文标题：Spatial transcriptomics reveals tryptophan metabolism restricting maturation of intratumoral tertiary lymphoid structures
译 名：空间转录组学揭示色氨酸代谢可限制肿瘤内三级淋巴结构的成熟
期 刊：Cancer Cell
影响因子：58.50
发表时间：2025年6月
作者单位：中山大学附属第一医院；华大生命科学研究院
技术策略：Stereo-seq + scRNA-seq + snATAC-seq + 体内验证
样本类型：29例HCC患者（22例未治+7例抗PD-1）肿瘤组织
三级淋巴结构（TLS）是肿瘤内的免疫“前哨站”，成熟度直接决定免疫治疗响应。该研究用Stereo-seq绘制肝癌TLS空间图谱，将未成熟TLS细分为“趋同型”与“偏离型”：偏离型TLS周围肿瘤细胞高表达TDO2、强力拆解色氨酸，犬尿氨酸积累抑制B细胞分化；限制色氨酸摄入或用TDO2抑制剂可显著促进TLS成熟、与PD-1抑制剂协同增效。
图2 肝癌三级淋巴结构空间图谱：趋向型vs偏离型TLS、代谢干预策略（Cancer Cell, 2025）
案例三
原文标题：Genomic evolution reshapes cell-type diversification in the amniote brain
译 名：基因组进化重塑了羊膜动物大脑中的细胞类型多样化过程
期 刊：Developmental Cell
影响因子：11.90
发表时间：2025年5月
作者单位：华大生命科学研究院（杭州）；郑州大学；中科院神经所；深圳先进院
技术策略：snRNA-seq（DNBelab C4）+ Stereo-seq空间验证
样本类型：海龟、斑胸草雀、鸽子、小鼠、猕猴端脑与小脑
该研究构建覆盖5种羊膜动物、超130万个细胞的全脑单细胞图谱，并用Stereo-seq验证跨物种基因空间表达。有趣的是，鸟类端脑兴奋性神经元特异表达SLC17A6，哺乳动物新皮质则表达SLC17A7，旁系同源基因分化塑造神经元物种特异性；还鉴定出鸟类特有SVIL+浦肯野细胞亚型，与学习、昼夜节律相关，为鸟类飞行等特殊行为的神经基础提供分子解释。
图3 5种羊膜动物脑snRNA-seq+Stereo-seq：跨物种细胞图谱与SLC17A6/7分化（Dev Cell, 2025）
三篇文章看下来，空间转录组在动物研究中正沿三条线落地：
临床样本回溯
FFPE方案盘活存档样本，回溯研究门槛大降
肿瘤微环境解析
原位看清免疫与肿瘤细胞博弈，指导治疗分层
发育与演化
跨物种、跨阶段细胞图谱，追踪细胞来源
凌恩生物拥有丰富的单细胞、时空转录组项目实操案例，推出基于华大Stereo-seq平台的高分辨率和低分辨率EZY Spatial时空转录组测序服务，专属团队针对疑难样本优化前处理方案，专业生信团队定制个性化数据分析，助您精准划分细胞类型、解析微环境互作、重构发育轨迹。
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参考文献
Zhao Y, Li Y, He Y, et al. Stereo-seq V2: Spatial mapping of total RNA on FFPE sections with high resolution. Cell, 2025. DOI: 10.1016/j.cell.2025.08.008
Tang Z, Bai Y, Fang Q, et al. Spatial transcriptomics reveals tryptophan metabolism restricting maturation of intratumoral tertiary lymphoid structures. Cancer Cell, 2025, 43(6):1025-1044. DOI: 10.1016/j.ccell.2025.03.011
Chen D, et al. Genomic evolution reshapes cell-type diversification in the amniote brain. Dev Cell, 2025. DOI: 10.1016/j.devcel.2025.04.014
