美国交通部及其下属机构已展开多方面努力，以支持波多黎各和美属维尔京群岛的飓风玛丽亚灾后恢复工作。
联邦航空管理局（FAA）的飓风恢复工作目前每天在圣胡安的路易斯·穆尼奥斯·马林国际机场支持十余架商业客运航班。随着该局继续修复在飓风玛丽亚中受损的雷达、导航设备及其他设施，航班数量预计将持续增加。
该局已实施机位预约系统，以管理机场停机坪空间的需求，并在空中安全间隔飞机。
联邦航空管理局的初步损害评估确定，在风暴中被摧毁或停用的若干关键雷达和导航设备。联邦航空管理局已通过空运和海运送抵替换系统至相关岛屿，以恢复基本的雷达、导航和通信服务，技术人员目前正在对这些系统进行维修。
联邦公路管理局（FHWA）正协助波多黎各交通与公共工程部进行损害评估，以便动用联邦公路管理局紧急救济资金，尽快帮助恢复全岛的地面交通。
联邦公共交通管理局（FTA）持续联系波多黎各的公共交通服务提供商，评估其当前的运输能力和恢复需求，并与联邦紧急事务管理局（FEMA）合作开展多种潜在的任务指派，包括岛屿间的渡轮服务。截至 9 月 25 日星期一，波多黎各在白天时段提供有限的渡轮服务，用于向比克维斯和库莱布拉运送应急物资。
海事管理局（MARAD）已提供四艘船只以支持近期飓风的恢复工作，其中两艘已停靠或正前往加勒比海执行联邦紧急事务管理局（FEMA）指定的任务。赖特号（Wright）目前停泊在圣托马斯夏洛特阿马利亚港，正在卸载货物。赖特号将留在现场，为第一响应人员提供电力、住宿、食品、清洁饮用水和停泊服务。赖特号可容纳 325 名工作人员，从而腾出当地酒店供流离失所的居民使用。赖特号计划在现场部署 30 天，并可根据 FEMA 的要求再延长 30 天。
肯尼迪总统号（TS Kennedy）已接到任务变更指令，目前正从德克萨斯州驶往维尔京群岛，以支持美属维尔京群岛和波多黎各的飓风恢复工作。该船预计于今天，即 9 月 27 日星期三抵达。