清酒酿造中不可或缺的工具之一就是发酵桶。现如今，不锈钢制的桶已经很普及了，但在过去木桶是酿酒的主要工具。
一般来说，木桶的寿命约为100到150年。在酒藏里，人们会用新木桶来酿造清酒，但由于清酒水分多且不含盐分，用于酿造清酒的木桶大约30年就会寿终正寝。之后，这些木桶会被酱油窖拿去使用，在那里也达到使用寿命后，还会继续在味噌窖或腌菜窖中发挥作用。在江户时代中期，也有在酒藏工作过的工匠从清酒业转行到酱油酿造业的情况。
栖息在木桶中、使酒发酵的微生物会流向酱油窖，并在那里继续发挥作用。无论是微生物还是人，都经历了类似的变迁，发酵的活动一直持续至今。从酿造技术和历史的观点，日本发酵文化中清酒与酱油的关系是怎样的呢？
首先，让我们来比较一下清酒和酱油的原料。
清酒的原料是米、米曲、水，更详细地说，还包括种曲、酿造酒精、乳酸等；酱油的原料是大豆、小麦、酱油曲、盐水，根据情况，也会使用酿造酒精和氨基酸等调味料。
作为酱油原料的大豆有“整粒大豆”和“脱脂加工大豆”两种。有无油脂，是与清酒原料大米的一大不同点。整粒大豆和脱脂加工大豆的区别仅在于油脂是之后榨取还是事先榨取，最终成品酱油的风味各有不同，没有优劣之分。
接下来是酱油的制曲。清酒的情况下，是通过在蒸米上撒上曲霉菌进行培养来制作米曲。而酱油是在将蒸好的大豆与炒过并粉碎的小麦混合后的物料中加入曲霉菌进行培养。与米曲是白色的相比，酱油曲呈浅茶色。
另外，酱油的制曲室湿度设定为90%，在曲霉菌易于生长的高湿度下进行48小时的制曲。而清酒的制曲室则根据时间段改变湿度，通过翻曲和曲盒的堆叠方式来干燥米曲的表面。通过这样调节湿度，控制酱油曲的菌丝横向生长，米曲的菌丝纵向生长，而结果就是两种曲出现了颜色上的差异。
在酱油的投料过程中，会将制曲完成的酱油曲与食盐水混合，推进发酵和熟成。此时混合好的物料称为“醪”。加入食盐水后，曲霉菌的繁殖停止，曲霉菌产生的酶开始发挥作用。借助酶的力量，大豆的蛋白质被分解为氨基酸，小麦的淀粉被分解为糖分。酱油呈茶褐色，正是由于这种氨基酸和糖分的反应。接着，乳酸菌和酵母开始活动，产生酱油独特的风味和香气。
在酱油酿造中，酵母也起着将糖分转化为酒精的作用，但在高浓度食盐水中，这种作用会减弱，因此会通过添加酿造酒精来完成最终酿造。添加酒精的目的是防止腐败和增强风味，这与清酒的酿造理念是共通的。
一般在冬季投料的酱油，经过大约10个月的熟成期，在次年秋天上市。根据酱油窖的不同，也有进行两年或更长时间熟成的地方。而清酒与酱油的明确不同之处，就在于这个“熟成”。在冬季进行投料，但清酒是在春天将酒醪压榨分离，装瓶后进行加热杀菌，如有需要，还会经过熟成再出货。而酱油则没有榨汁后再进行熟成的概念，所以成品酱油应尽早消费。
通过木桶建立起来酒藏与酱油窖的关系，藏人们通过人际交流进行技术传承。可以说，清酒与酱油在相互给予良好影响的同时，共同构筑起了日本的发酵文化。
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