做微生物组研究的小伙伴，大概率都因为一个问题困惑过：
同样是微生物测序，研究目标各有侧重:
有的关注物种丰度，有的解析菌群功能。
不同方案成本与数据差异显著，盲目选型易预算浪费、数据不达标，导致论文受阻、实验返工。
今天用一篇精简干货，帮大家精准区分、按需选型！
核心原理：两种测序逻辑天差地别
扩增子测序是“定点抽查”，靶向检测细菌16S、真菌ITS等微生物特征基因片段，如同查身份证，仅快速统计样本中微生物的种类和丰度，不深挖基因功能。该技术经过PCR富集，流程简单、稳定性极高。
宏基因组测序是“全量普查”，无差别抓取样本中所有微生物的全部DNA，涵盖细菌、真菌、病毒、寄生虫等。相当于调取完整档案，既能精准识别物种，还能解析基因功能、代谢通路、耐药毒力因子，信息覆盖全面。
优劣对比：找准核心优缺点
（1）扩增子测序：性价比高，成本低廉，适合大样本批量检测，灵敏度强，适配低丰度微生物样本，数据库成熟，发文认可度高；短板是分辨率仅到属水平，无法区分近缘菌种和菌株，功能结果仅为软件预测，还无法检测病毒。
举例说明
中国西南亚热带草地植物与细菌多样性协同调控生态系统多功能性[1]
代谢组驱动的根际微生物组组装调控药用植物当归抗根腐病能力[2]
举例说明
钼酸盐对稻田土壤微生物砷甲基化的双重抑制效应[3]
山羊肠道微生物源短肽资源库：发育日龄与线虫感染的调控效应[4]
终极选型指南
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