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环肽PROTAC靶向HIF-1α:1%氧下,1小时与6小时为何不同?

环肽PROTAC靶向HIF-1α:1%氧下,1小时与6小时为何不同? AI4Peptide
2026-09-15
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导读:研究将HIF-1α结合环肽与VHL配体连接,接入Tat后获得细胞降解活性。1%氧下的时间实验和蛋白合成抑制对照提示:6小时后看不到明显蛋白下降,不等于降解剂已经失效。

常氧下,HIF-1α经脯氨酰羟化后被VHL识别,随后进入泛素—蛋白酶体降解途径。低氧抑制这一步羟化,HIF-1α随之积累。如果另用一个分子连接HIF-1α与VHL,能否绕过原有的识别要求,恢复低氧条件下的降解?

2026年9月14日,南安普顿大学研究团队在JACS报道了一组环肽蛋白水解靶向嵌合体(PROTAC)。团队以阻断HIF-1α/HIF-1β相互作用的环肽为起点,接入VHL配体,尝试把结合分子改造成降解分子。代表性分子75在3%氧下能够降低HCT116细胞中的HIF-1α,但在1%氧下,短时与长时结果并不一致。

先为VHL配体找一个连接位置

微量热泳动(MST)测量显示,起始六肽cyclo-CLLFVY对分离的HIF-1α PAS-B结构域的解离常数为35±7 μM。经过天然与非天然氨基酸的逐位替换,研究得到化合物50,解离常数降至360±120 nM。

连接臂的位置也要结合替换结果选择。在第3位,多数脂肪族侧链替换对亲和力影响较小;换成α-氨基丁酸后,亲和力却比第3位为亮氨酸的化合物47弱约35倍。团队据此推测,这一位置可能通过影响环肽构象参与结合,而未必直接接触靶蛋白。

后续构建选用的是47。其亲和力与50在统计上无可区分,溶解性和合成便利性略好。团队分别从第2位或第3位接入连接臂,再连接VHL配体VH032,构建了两组共18种衍生物:一组采用可用于固相肽合成的双功能氨基酸,另一组采用聚乙二醇连接臂。

Tat接入后,细胞筛选出现活性

在10 μM去铁胺诱导HIF-1α积累的HCT116细胞中,这18种衍生物最初都没有降低HIF-1α。团队将细胞通透性列为可能的限制因素,随后通过二硫键接入Tat细胞穿透肽。

加入Tat后,两个连接臂系列均出现降解活性。第3位连接的表现总体优于相应的第2位连接;在双功能氨基酸系列中,活性随连接臂延长而提高。所测衍生物中,表现最好的75采用第3位聚乙二醇连接臂,在上述去铁胺诱导条件下,DC₅₀为1.4±0.1 μM。

为了检验75能否同时连接靶蛋白与VHL,团队在MST实验中比较了两种条件。在不含VHL复合物的条件下,75与HIF-1α PAS-B结构域的结合曲线趋于饱和,解离常数为1.7±1.5 μM;在相同条件下加入VHL–Elongin B/C复合物,MST响应则随75浓度先升后降。研究团队将这一差异作为三元复合物形成的证据。

回到细胞实验,去掉VH032的对照分子未引起HIF-1α下降;加入蛋白酶体抑制剂MG132(20 μM)后,75引起的下降也被阻断。这两个对照支持75通过VHL招募及蛋白酶体途径促进HIF-1α降解。

1小时能降低蛋白,6小时为何不再明显?

去铁胺筛选之后,团队转入氧浓度受控的培养环境。在3%氧下,75使HCT116细胞的HIF-1α呈剂量依赖下降,DC₅₀为7.6±2.4 μM。两种条件下的DC₅₀均以各自诱导条件中的溶剂对照为100%、常氧蛋白水平为0%归一化计算。

在1%氧下培养6小时,即使用40 μM的75,HIF-1α信号的下降也不明显。然而,当观察终点提前到1%氧下的1小时,40 μM的75仍能降低蛋白信号。

在未加75的溶剂对照中,HIF-1α信号从1%氧培养1小时到6小时约增加至3倍。团队于是用环己酰亚胺(CHX)抑制蛋白合成,考察减少新蛋白补充后的变化。

细胞接受75或溶剂处理后,先在常氧下孵育1小时,再转入1%氧环境培养1小时或6小时,最后加入CHX处理30分钟后收样。CHX本身降低了HIF-1α信号;预先使用75再加CHX,信号比仅用CHX的组别进一步降低。

短时实验与CHX对照支持作者的解释:75在1%氧下仍可促进HIF-1α降解,但持续补充的蛋白可能抵消部分清除,使6小时后的总蛋白水平不再呈现明显下降。合成与降解速率尚未被直接测量。

目前,相关证据限于体外结合和细胞实验,尚未评估抗增殖活性,也没有动物抗肿瘤疗效或临床获益数据。上述解离常数与DC₅₀均为3次重复的均值±标准差。

配图为原论文Visual Abstract,依据知识共享署名4.0许可原样使用。[许可说明](https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

原文信息

论文标题:Cyclic Peptide PROTACs Restore VHL-Mediated HIF-1α Degradation in Hypoxia

期刊:Journal of the American Chemical Society

年份:2026

DOI:[10.1021/jacs.6c08218](https://doi.org/10.1021/jacs.6c08218)

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专注探索人工智能在多肽药物设计与研发中的应用,定期发布相关的前沿研究、技术解析和行业动态,迎接未来智能药物研发的新时代。
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