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一、软件著作权注册是著作权人取得权利的初步证明。软件本来就是数字化的产品，谁都可以说这个软件是他的，但软件的著作权到底是谁的，这就需要拿出相关证据来才能让公众信任，这个软件就是我的。软件著作权登记，是版权局应申请人申请颁发的权利归属证明，具有很强的证明力，在无相反证据足以推翻的情况下，就是视为法律事实。
二、软件著作权注册后可作为软件得到重点保护的依据。《国务院〈鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策〉的通知》第三十二条规定“国务院著作权行政管理部门要规范和加强软件著作权登记制度，鼓励软件著作权登记，并依据国家法律对已经登记的软件予以重点保护。”
三、软件著作权注册后作为税收优惠的依据根据《国务院〈鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策〉的通知》及财政部、国家税务总局的相关文件，国家对已经登记的软件将会予以重点保护，并享受有关税收、知识产权、融资、进出口、人才吸引等若干的优惠政策。
四、软件著作权注册作为技术出资入股《关于以高新技术成果出资入股若干问题的规定》规定计算机软件可以作为高新技术出资入股，而且作价的比例可以突破公司法20%的限制达到35%。现在有的地方更规定软件可以作价100%以技术出资的规定。不过一般都要求软件著作权应当取得登记。
五、软件著作权注册作为申请科技成果的依据。科学技术部关于印发《科技成果登记办法》的通知第八条规定：“办理科技成果登记应当提交《科技成果登记表》及下列材料：(一)应用技术成果：相关的评价证明(鉴定证书或者鉴定报告、科技计划项目验收报告、行业准入证明、新产品证书等)和研制报告;或者知识产权证明(专利证书、植物品种权证书、软件登记证书等)和用户证明。”这里的登记可以理解为著作权的登记，其他部委也有类似规定，以软件申请技术成果应当递交软件登记证书。
此外，软件著作权登记的作用元不止于此：软件著作权注册可以是评职称的重要证明，软件著作权注册可以是入驻百度、腾讯、360等平台的必要材料，软件著作权注册可以是申请科研项目的必要条件，软件著作权注册是办理游戏版号的前提条件。
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