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根据德税稽通〔2025〕109号，云南省某自治州税务局稽查局对利捷供应链管理有限公司（以下简称“该公司”）的检查发现，该公司在2020年及2021年间，以跨境电商名义报关出口货物总额约4.1亿元，并自行申报了增值税免税。
经稽查局核查，该公司业务存在以下关键问题：
1
未取得与报关出口商品相关的合法有效进货凭证；
2
出口货物未通过跨境电商综合试验区（以下简称“综试区”）所在地海关办理电子商务出口申报手续；
3
经认定，该公司并未实质参与相关出口经营活动。
基于以上事实，税务机关判定该批出口货物应视同内销处理，其全部出口销售额需计入应税销售额，并据此追缴相应税款。
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01
补税情况概要
增值税及附加税费
该公司为小规模纳税人。稽查局就其2020年至2021年间约4.1亿元的出口免税收入，按1%的征收率补征增值税，共计约415万元，同时补征城市维护建设税、教育费附加等附加税费约25万元。
企业所得税
由于该公司无法提供完整的账簿凭证，稽查局依据《中华人民共和国税收征收管理法》及《企业所得税核定征收办法（试行）》的规定，采用应税所得率方式核定征收企业所得税，应税所得率定为4%。
2020年度
根据收入7989万元，核定应纳税所得额约316万元，应补缴企业所得税79万元。
2021年度
该公司出口收入约3.4亿元，另取得政府跨境电子商务发展支持金262万元。
鉴于其主管税务机关已于2024年6月至7月期间，就2021年收入按4%应税所得率核定应纳税所得额合计约1360万元，并出具了《税务事项通知书》，为避免重复征税，本次稽查未再查补2021年度企业所得税。
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02
案例启示与要点
01
业务实质与风险
本案公司实际扮演了出口货代角色，以其名义为无法取得采购发票的客户代理出口货物。随着税务监管强化，特别是自2024年第三季度起，代理出口需申报真实货主信息，此类模式面临巨大的增值税与企业所得税补税风险。
02
核定征收的应用
值得注意的是，该公司在日常征管中已获主管税务机关按4%应税所得率核定征收企业所得税，本次稽查予以认可。核定后企业所得税实际税负率约为1%，税务成本相对较低。
03
政策合规是关键
跨境电商零售出口（监管代码9610）可适用增值税“无票免税”及企业所得税核定征收政策。但必须满足特定条件，包括在综试区内注册企业、通过综试区海关系统完成申报等。目前，在实践中能够顺利落地核定征收的地区仍较为有限。
04
监管环境趋严
当前，海关、税务、银行及平台数据已实现深度联动与交叉比对。企业出口报关数据会同步至税务数据库，与纳税申报表进行自动比对。在严征管背景下，跨境电商无票出口企业合规适用9610政策已迫在眉睫。
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