医药行业与我们的生活息息相关，可是近几年医药行业药品质量出现问题，医院医生、销售代表的暴利回扣，引起了百姓们的恐慌，也引起了许多医药公司的重视，国家针对这种现象出台了一系列政策，严厉稽查行业中的蛀虫企业。
广东今某药业有限公司
广东某药企虚开增值税发票，虚开发票金额超4亿元。
公司非加工业却进了大批量的药材和医疗器械。
判决结果：
被告人常某某犯虚开增值税发票罪，判处有期徒刑十三年；犯逃税罪，判处有期徒刑三年六个月，并处罚金人民币二十万元；决定执行有期徒刑十四年，并处罚金人民币二十万元。
被告人郑某某犯虚开增值税发票罪，判处有期徒刑二年六个月；犯逃税罪，判处有期徒刑一年，并处罚金人民币十万元；决定执行有期徒刑三年，缓判四年，并处罚金人民币十万元。
追缴被告单位广东今某药业有限公司利用虚开的增值税发票抵扣的税款人民币46389938.01元，上缴国库。
甘孜州鑫某商贸、
四季某商贸、
九龙县鑫某商贸、
鑫某农产品销售
这四家商贸公司以虫草、藏红花这些当地的农产品为由，开具增值税专用发票1.4亿，抵扣了税款1800多万，给国家造成税收损失。
案件显示，由主犯韩某实际控制的鑫某商贸等四家商贸公司成立后至案发的一年半时间中，在没有“真实购销业务”发生的情况下，累计为自己虚开农产品收购发票1亿4千多万；为重庆等地医药公司虚开增值税专用发票1亿1千多万。
相关部门从一些数据分析中发现，这几家企业的开票时点比较集中，开具的虫草、藏红花还有贝母价格偏高，并且，这几家企业的税负率特别低，只有百分之零点零几的税负。
虫草上市主要集中在6、7月份，但是这几家商贸公司不分季节都在开收购发票，收购价格也没有季节的浮动；而且，开出的每一张发票都在顶格开票。
之后，虫草税案的犯罪嫌疑人韩某交代了事实：其在甘孜州注册了四家农产品收购公司，主要是为了虚开增值税专用发票，医药公司的资金，按提成收入3%扣除后，韩某将剩余资金转给沈某指定的账户上，公司没有实际的业务往来。
判处结果：
几名涉案主犯被分别判处3-13年有期徒刑，全部非法所得被追缴并上缴国库。
天津盈某某贸易有限公司
根据犯罪嫌疑人的供述，从2014年12月至2015年11月，在不到一年的时间内，李某、张某某、姜某三人通过盈某某公司共计开出进出项不一致的增值税专用发票870份，金额8.12亿余元，税额高达1.18亿余元。这些虚开的增值税发票不仅用于企业偷逃税款，同时也向下游企业非法出售，来获取7%到8%的所谓开票费。
经国家税务总局天津市税务局第三稽查局检查，发现其在2014年1月1日至2015年12月31日期间，主要存在以下问题：对外虚开增值税销项发票2345份，金额114209.57万元，税额19415.63万元依照《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规的有关规定，对其处以罚款50万元的行政处罚。
根据我国税法规定，销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人需要就其实现的增值额缴纳增值税。据业内人士介绍，增值税是我国第一大税种，也是征收管理最为严格的税种之一。企业可用增值税专用发票抵扣应纳税额。那么虚开增值税发票会有哪些严重后果：
1. 虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处两万元以上二十万元以下罚金；
2. 虚开税款数额较大或者其他情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；
3. 虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产；
4. 单位犯本条规定之罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他责任人员，处三年以下有期徒刑或者拘役；
5. 虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑；
6. 虚开的税款数额巨大或者其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。
两票制含义：“两票制”是指药品从药厂卖到一级经销商开一次发票，经销商卖到医院再开一次发票，以“两票”替代目前常见的七票、八票，减少流通环节的层层盘剥，并且每个品种的一级经销商不得超过2个。
医药行业最大的痛点在于税收，最危险的红线在于虚开。
无论是虚开农产品（中药材）收购发票，还是虚开增值税专用发票、增值税普通发票用于抵扣增值税或进行企业所得税税前扣除，虚开都是稽查重点，一旦风险爆发，企业、挂靠人、法定代表人、实际控制人都将面临刑事责任。
两票制的实行，其主要目的就是有效减少药品从药厂再到医院的流通环节，降低药品成本，从而解决老百姓看病难，药价高的问题；同时也意味着在过往流通环节忠代理商、经销商、配送商的角色被压缩成一个，在整个流通环节中，多票、挂靠等避税行为将大大减少，利润更加透明化，那么既有模式下医院仍然按中标价结算付款收取发票，而药品定价方面，现行体制下药品是由国家统一定价，但在定价过程中会参考有关制药商、代理商以及专家的意见，会导致在此过程中销售代理商会想方设法的把药品定价抬高，体现在发票上就是“高开”，以此实现把销售过程中的营销费用和利润加到药品价格之中，如此一来两票制的改革使得药品销售环节的销售费用无法像过去一样通过多次开票进行消化和利益分配。
无法合法抵扣的中间销售费用使得大多数医药企业增加了税务风险，因此使利润不受到影响，需要医药企业会选择以各种其他方式进行增值税发票的虚开。
那么想要保证利润不受损，如何规划财税在其中显得尤为重要。
如何合法、合规的进行税务筹划，成为医药企业在发展路上的重要思考课题。
案例来源：央视新闻
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