您应按照增值税纳税义务发生时间来判断按哪种税率开票，为免误开票，建议您提前征求您主管税局意见。
2、同一个订单若同时存在调整前和调整后税率的情况，如您不愿配合冲红重开。可按照以下方案二选一：
a.若您无法开出统一征税税率的发票（比如一个订单中同时存在旧税率16%和新税率13%），可以申请部分退税、部分免税处理。若您同意部分免税处理，可向一拍档提出申请。
b.若您不接受部分免税处理，则可以整单转2N，您自行退税；或者参照3月21日发布的《关于免税、视同内销征税、零退税率产品业务规则调整的通知》进行操作。
（选择哪部分做免税由您自行判断，并由您自行在客户端修改开票资料的征税税率。比如，一个订单出口额为100美金，您开出的发票中，80美金为16%的税率，20美金为13%的税率，您可选择16%税率的部分申请退税，13%税率部分申请免税处理，并在客户端将开票资料的征税税率调整至16%。）
PS：
退税发票税率开错，国税要求重开或者缴滞纳金，对退税是否有影响？
您应按照增值税纳税义务发生时间来判断按哪种税率开票，对一达通的申报退税是影响较小的，为免误开票，建议您提前征求您主管税局意见。