函调时我们当地税局已回函，为什么还不能退税呢？

若已回函还不能退税（税局尚未确认开票工厂回函正常）：
1、先确认税局是否已回函，当地税局回函，函件都会有一个复函编码，可通过编码来确认当地税局是否已经回函。
2、提供回函号给一达通函调对接人（或财税辅导拍档），看退税局系统上是否已经有回函信息。
3、已回函的函件，需要等待一达通税局审核。因为退税局收到回函后，税局内部还有审核流程，核对回函函件内容是否正常，信息是否相符，审核完毕后告知您函调结果。只有函调结果正常才不会影响退税。

PS:回函长时间传输同步不到信息应该怎么处理？

建议您向您的主管税局咨询函件回函号，一达通根据回函号查询函件进展。