2N代理证申报退税时显示代理证明号已经申报过了，是什么问题？

说明该批次或者以前申报批次，已经申报过该代理证明号。一个代理证明号，只能申报一次退税，不能重复申报。

PS：代理证订单申报数量为零，报关单没问题，怎么回事？

一般可能是您存在重复申报的行为。需要进行如下操作1）之前填列的数据请撤销，2）或者查找到之前的申报数据包进行申报即可。