Sequencher-DNA测序软件 研究领域（二）

Sequencher广泛的Sanger分析功能是其立身之本。从头到尾均可定制，没有其他程序能像Sequencher一样为您提供如此强大的功能。凭借经过25年打磨的易用界面，首次使用的用户会在几分钟内就感觉像专业人士一样。从修剪读取、自定义组装和对齐算法、变异表、总结报告、注释，不一而足。来看看为什么Sequencher已被发表在数万篇研究论文和同行评审期刊上。简单之中见力量。

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微生物学

随着人口的增长以及生存空间、粮食种植空间、水资源面临的压力不断加大，加之维护地球生物多样性的需求，微生物学领域发挥着守护者作用，抵御着从致病微生物到人类、其伴侣动物、食用动物以及粮食作物所面临的各种威胁。微生物学也是新型抗生素和食品的来源。快速鉴定微生物是关键，而16S rRNA测序是首选方法。

Sequencher是黄金标准，提供了从清理序列污染到比对和分析所需的所有工具。它提供了从头开始、参考引导和多序列比对算法。一次性测序和组装多个样品可能是最耗时的步骤之一。Sequencher的“按名称组装”功能简化了组装阶段的繁琐工作，包括命名拼接序列。其独特的“方差表”工具不仅有助于定位变异碱基，还能通过其与底层数据的动态链接来探索、注释或编辑这些碱基。有几种报告可以保存为PDF格式，并可轻松与同事共享。方差表可用于比较不同样品，或仅将参考序列或共识与拼接序列中的读数进行比较。参考序列本身具有一些有趣的特性，因为它设定了拼接序列的编号和方向性，这样你就能始终知道自己的位置。

Primer-BLAST和BLAST是通过Sequencher Connections提供的，它使您能够一次性分析多个序列。借助其Schematic视图，您可以查看Primer-BLAST和BLAST搜索的整合视图。如果您使用BLAST进行初步鉴定，并且维护自己的私有序列数据库，则还可以使用Local-BLAST对这些数据库进行搜索。使用MUSCLE算法进行多序列比对还可以绘制进化树，以便您查看序列之间的关系。

如果你需要使用标准操作流程，那么Sequencher也能提供帮助。该模板可让你设置从数据组装时使用的参数、共识计算，到识别过程中任何读取或拼接发生位置的标签等所有内容。它确保每个人都使用相同的方法，并遵循相同的约定标准。

NGS技术在微生物实验室中越来越普及，而Sequencher拥有您所需的工具。从使用FastQC进行质量控制到比对读段或查看RNA-seq，无论您是进行参考引导的比对还是查看新生物体，从而需要从头算法，Sequencher都能满足您的需求。Cufflinks工具套件为基因表达或差异表达提供了全面的转录组学支持。Sequencher甚至包含图表和图形，供您探索数据。虽然这些对于某些目的可能已经足够，但如果您需要深入探索RNA-SEQ表达结果，并且需要比Sequencher的姊妹产品更多的功能，那么CodeLinker是您的首选工具，它具备聚类算法、数据挖掘工具和统计方法。

系统学

如果你在Systematics工作，你可能需要在某个时候处理序列数据。因为单碱基很重要，所以你希望有最干净的序列，所以修剪数据很重要。你可能会同时组装几个生物体或样本。一个节省时间的工具，允许您使用序列名称中嵌入的信息来区分您的样本，并将它们分成单独的重叠群，这可能也很方便。您将在Sequencher中找到此功能，我们称之为“按名称组装”，还有更多功能。

必须选择适合您数据的汇编算法和共识计算。为了追踪你的重叠群中的分歧，并在必要时进行编辑，Sequencher有一系列强大的工具。使用方差表可以轻松完成定位样本之间序列差异的重要性，您可能希望对此进行注释。此表不仅显示了差异，还允许您在现场检查、注释或编辑，因为它与底层数据有动态链接。如果你专注于序列的特定区域，那么序列上必须有特征。通过添加GenBank风格的特征注释，您可以告诉方差表仅显示特定区域内的差异，如基因、外显子、CDS等。这并不是特征的唯一用途，特征显示在单个序列、连续序列、方差表和摘要报告中。

如果你的数据集不完整，或者你需要设计新的引物，或者你只是想对照各种BLAST数据库检查你已经获得的信息，你将需要一种新的工具。Sequencher Connections就是这样。您可以控制要在搜索中使用多少个序列，也可以控制搜索的选项。如果你的目标是获得新的引物，那么在Sequencher Connections中使用Sequencher的Primer BLAST接口来设计你的引物。一旦底漆结果返回，您就可以选择要添加到项目中的结果。如果您想检查哪种底漆最适合您感兴趣的地区，请使用原理图以合并图形的形式查看所有搜索的结果。我们还将MUSCLE算法添加到Sequencher Connections中，一旦比对完成，您可以将结果查看为矩形或圆形分支图，以及序列比对。我们认识到，您可能有专门的工具来对数据进行进一步分析，因此还提供了一套丰富的导出格式。

如今，许多研究人员使用NGS来比对或组装他们的序列。基因组略读，即对所讨论的生物体进行浅层测序，在分子系统学中得到了广泛的应用。结合多路复用技术，以这种方式进行研究比使用桑格测序更便宜。Sequencher包含MultiplexID研究所需的工具，以及参考引导对齐或从头组装。结果可以在Tablet基因组查看器或您选择的查看器中查看。

法医学

Sequencher已经成为人类法医专家工具包的一部分超过15年了。虽然电视观众可能会将法医与人类DNA联系起来，但毫无疑问，同样的技术也对动物和植物世界产生了巨大的影响。无论是在刑事诉讼中使用伴侣动物的DNA，还是非法进出口动植物产品、偷猎活动以及非法出口野生动物和濒危植物，野生动植物法医学领域都将不断扩大。

通过使用模板支持标准操作程序（因此每个人都使用相同的参数和参考序列），如果你正在使用人类DNA，你已经有了一个全球标准，但其他物种不一定如此。通过使用标签（可以添加到序列和重叠图中的标签）扩展SOP，您可以指示它们在工作流程中的位置，从而一目了然地了解项目的进展情况。

我们发明了参考序列，这是一个可以应用于DNA序列的功能，可以设置连续群的编号及其方向。我们还发明了一种特殊的插入碱基编号方法，这样总体编号就不会改变，这反过来又使比较单倍型变得更加容易。与Sequencher项目中的任何序列一样，它也可以携带功能，这样你就可以很容易地看到标准注释，如GenBank功能或需要特别注意的区域的个人注释。每当您对连续图进行更改时，共识都会自动重新计算，此外，还可以选择从基本多数计算到信心共识的共识计算方法。

对于人类线粒体DNA分析，我们根据AFDIL对线粒体DNA测序所做的工作，将共识添加到法医标准中。除此之外，我们还提供验证mtDNA配置文件功能，该功能允许您比较单独分析师的结果和一份特别报告，该报告指出了两个配置文件之间的一致或不一致之处，您可以通过单击按钮创建CMF报告。

使用CO1进行DNA条形码识别动物物种是一种成熟的技术，但并非所有物种都很容易识别，必须使用替代标记。由于CO1基因的进化速度较慢，植物中的DNA条形码作为一种鉴定方法存在一些问题，但叶绿体中的matK和rbcL两个区域已被批准。使用Sequencher Connections，在NCBI搜索数据库很容易，您可以设置对多个样本的搜索，其工作量与使用传统web界面搜索一个序列所需的工作量相同。此外，您可以创建自己的序列数据库，并使用相同的工具使用本地BLAST，并在搜索之间进行比较，以查看您找到了什么。综合原理图的搜索行显示了所有找到的点击是如何排列的，便于查看。 

Sequencher Connections还包含MUSCLE算法，因此您可以对序列进行聚类，并将结果视为比对或分支图。

NGS技术的影响正在DNA取证中显现，就像在许多其他生命科学中一样。在这里，Sequencher也有两个参考引导对准器和一个从头组装算法的工具。借助其外部数据浏览器，您不仅可以管理您的NGS运行，还可以对每个运行进行注释，以便您随时掌握所需的所有详细信息。