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一、案例详情
甲公司与乙公司签订销售合同，合同约定货物含税价格113万元，同时甲公司承诺将货物运送至乙公司指定地点，运费含税价格10.9万元。甲公司委托丙运输公司提供该运输服务，甲公司从乙公司处收取全部款项（包括货款和运费），并将运费支付给丙公司。合同约定，甲公司向乙公司开具税率为13%的货物增值税专用发票，丙运输公司向乙公司开具税率9%的运输服务增值税专用发票，甲公司将自己开具的货物增值税专用发票与丙公司开具的运费增值税专用发票交付给乙公司。合同同时约定，甲公司不承担运输的风险和责任，甲公司只是代收运费，同时运费的价格也由丙公司与客户乙公司协商确定。
二、案例解析
1.甲公司在运输业务中为代理人身份
应用指南规定：“当存在第三方参与企业向客户提供商品时，企业向客户转让特定商品之前能够控制该商品的，应当作为主要责任人。企业作为主要责任人的情形包括：
。。。。。。
（2）企业能够主导第三方代表本企业向客户提供服务。当企业承诺向客户提供服务，并委托第三方（例如分包商、其他服务提供商等）代表企业向客户提供服务时，如果企业能够主导该第三方代表本企业向客户提供服务，则表明企业在相关服务提供给客户之前能够控制该相关服务”。
本例中，甲公司不承担运输的风险和责任，运费的价格也由丙公司与客户乙公司协商确定，丙公司决定运输服务的执行方式，因此，甲公司并不能主导丙运输公司代表甲公司向客户提供运输服务，表明甲公司在运输服务提供给客户之前不能控制该运输服务。
2、甲公司从乙公司收取的运输费用在增值税上作为代垫运输费用处理
《增值税暂行条例实施细则》第十二条规定，“条例第六条第一款所称价外费用，包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。但下列项目不包括在内：
（一）受托加工应征消费税的消费品所代收代缴的消费税；
（二）同时符合以下条件的代垫运输费用：
1.承运部门的运输费用发票开具给购买方的；
2.纳税人将该项发票转交给购买方的”。
根据上述条款，丙运输公司的运输费用发票开具给客户乙公司，甲公司将该项发票转交给乙公司，该运输费用属于增值税概念中的代垫运输费用，甲公司不需要将该运费作为价外费用计征增值税。
3、甲公司作为代理人的账务处理
（1）向乙公司销售货物（单位：万元，下同）：
借：应收账款－乙公司113
贷：主营业务收入－销售货物100
应交税费－应交增值税（销项税额）13
（2）从乙公司处收到款项：
借：银行存款 123.9
贷：应收账款－乙公司113
其他应付款－丙公司10.9
（3）向丙公司支付运费：
借：其他应付款－丙公司10.9
贷：银行存款10.9
如上述案例中，改为甲公司承担运输的风险和责任，同时运费的价格也由甲公司与客户乙公司协商确定（或将运费包含在销售合同价款中），发票是由丙运输公司开具给甲公司，甲公司再开具货物发票给客户，则该运费在增值税上作为价外费用处理。
此种情况下，甲公司可以主导丙公司代表甲公司向客户提供服务，表明甲公司在运输服务提供前取得了运输服务的控制权，甲公司应作为主要责任人进行会计处理。
4、甲公司作为主要责任人的账务处理
（1）向乙公司销售货物：
借：应收账款－乙公司 113
－乙公司 11.3
贷：主营业务收入－销售货物 100
－销售货物 10
应交税费－应交增值税（销项税额） 13
－应交增值税（销项税额）1.3
【提示】1.由于甲公司收取乙公司的运费按照价外费用计征13%税率的增值税，因此甲公司可考虑将该税差反映在收取的价格中。
2.注意运费履约义务的判断。
应用指南规定：“企业向客户销售商品的同时，约定企业需要将商品运送至客户指定的地点的情况下，企业需要根据相关商品的控制权转移时点判断该运输活动是否构成单项履约义务。通常情况下，控制权转移给客户之前发生的运输活动不构成单项履约义务，而只是企业为了履行合同而从事的活动，相关成本应当作为合同履约成本；相反，控制权转移给客户之后发生的运输活动则可能表明企业向客户提供了一项运输服务，企业应当考虑该项服务是否构成单项履约义务”。本例中，如果是甲公司在商品控制权转移之前发生的运输活动，则从客户收取的款项全部计入货物销售收入；如果是控制权转移给客户之后发生的运输活动，则从客户收取的款项要考虑在货物和运输服务两项履约义务之间进行分摊，分别在货物和运输服务控制权转移时确认收入。
假设本例是在商品控制权转移之前发生的运输活动。
（2）从乙公司处收到款项：
借：银行存款124.3
贷：应收账款－乙公司113
－乙公司11.3
（3）支付丙公司运输费用并取得9%的运费发票：
借：合同履约成本10
应交税费－应交增值税（进项税额）0.9
贷：银行存款等10.9
借：主营业务成本10
贷：合同履约成本10