使用特殊税务处理的条件：59号文第五条规定：企业重组同时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定：具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的；被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例；企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动；重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例；企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。

59号文第六条第（二）项和109号文规定：“股权收购，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的50%，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于交易支付总额的85%，可以选择按以下方式处理：被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定；收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定；收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础和其他相关所得税事项保持不变。

（1）收购企业税务处理

收购取得的被收购企业股权计税基础=对应股权支付部分的被收购企业的原股权计税基础+对应非股份支付部分的被收购企业的原股权公允价值

=对应股权支付部分的被收购企业的原股权计税基础+（对应非股份支付部分的被收购企业的原股权计税基础+被收购企业确认的股权转让所得）

=被收购企业的原股权计税基础+被收购企业确认的股权转让所得

（2）被收购企业股东的税务处理

按照59号文规定，符合特殊性税务处理条件的股权收购重组，被收购企业股东可暂不确认股权转让所得或损失。需要注意的是，如果被收购企业股东除了取得收购企业或控股企业股权外，还取得收购企业支付的其他非股份支付，被收购企业股东应确认非股份支付部分对应的股权转让所得或损失。计算公式如下：

非股份支付对应的资产转让所得或损失=（被转让资产的公允价值-被转让资产计税基础）*（非股份支付金额/被转让资产公允价值）

被收购企业股东取得收购企业股权的计税基础=被收购企业股权的原计税基础+非股份支付额对应的股权转让所得-非股份支付的公允价

=被收购企业股权的原计税基础-非股权支付部分的原计税基础

=股权支付部分的原计税基础

举个例子：

A公司欲收购B公司100%股权，以A公司所控股的C公司的股权支付交易对价的90%，剩余10%以银行存款支付。B公司股权账面价值1000万元，公允价值3000万元。

假设上述交易符合特殊性税务处理：

收购企业A公司取得B公司股权的计税基础=1000*0.9+3000*0.10=1200万元。

被收购企业B公司的股东确认的股权转让所得=（3000-1000）*0.10=200万元。

B公司股东取得C公司的股权计税基础=1000*0.9=900万

B公司股东取得C公司的会计分录是：

借方：银行存款 300

          长期股权投资-C公司 900

    贷方：长期股权投资-B公司 1000

             投资收益（长投转让所得） 200