曾经，每到麦收、秋收、春节来临时节，很多农民工兄弟就背着大包小包来到一些建筑企业的门口，静坐、静躺，或者拉横幅、喊口号：“XX建筑公司，拖欠农民工工资，还我们血汗钱！我们要吃饭，孩子要上学。”其实建筑企业也未必真的拖欠农民工工资，因为大中型建筑企业的劳务用工大部分都采用劳务分包模式，相关人工费已经向劳务分包商支付，真正拖欠农民工工资的是劳务分包企业或者包工头。农民工找劳务分包企业和包工头不易，找建筑企业相对容易；所以被拖欠工资的农民工大部分都直接采取“堵门”的形式讨薪。遇到这种情况对于建筑企业来说十分被动，因为该支付的劳务分包款已经支付了，农民工上门讨薪时且不论企业的资金是否充足，建筑企业作为总承包方或者专业分包方已经将劳务费支付给了劳务分包方，建筑企业与农民工没有任何合同关系也不能平白无故向他们支付工资，于是就出现了各种矛盾。
近年来随着国家有关政策的不断深入贯彻，这一问题得到了有效缓解。很典型的一个政策是《国务院办公厅关于全面治理拖欠农民工工资问题的意见》（国办发[2016]1号）。该文件明确农民工工资支付的责任主体，施工总承包（含甲分包）企业对所承包工程项目的农民工工资支付负总责，分包企业（含专业分包）对所招用农民工的工资支付负直接责任。
规范了劳务用工管理，全面实行农民工实名制管理制度，要求施工总承包企业要加强对分包企业劳动用工和工资发放的监督管理，在工程项目部配备劳资专管员，建立施工人员进出场登记制度和考勤计量、工资支付等管理台账。逐步推行银行代发工资制度，推动各类企业委托银行代发农民工工资。分包企业负责为招用的农民工申办银行个人工资账户并办理实名制工资支付银行卡，按月考核农民工工作量并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后，交施工总承包企业委托银行通过其设立的农民工工资（劳务费）专用账户直接将工资划入农民工个人工资账户。
基于“国办发[2016]1号”文件，很多地方政府都出台了相应的政策，例如，河北省政府办公厅印发《关于全面治理拖欠农民工工资问题的实施意见》，制定了《农民工工资预储金》制度。2016年以后新开工工程建设项目农民工工资由签约银行根据施工总承包企业提供的工资发放表和建设单位出具的确认文书，按月支付到农民工工资个人账户。明确在工程建设领域，建设单位对所发包工程项目的农民工工资支付负监管责任，施工总承包企业对所承包工程项目的农民工工资支付负总责，分包企业对所招用农民工的工资支付负直接责任。建设单位或施工总承包企业未按合同约定及时划拨工程款，致使分包企业拖欠农民工工资的，由建设单位或施工总承包企业以未结清的工程款为限先行垫付农民工工资。由于建设单位、施工总承包企业或分包企业将工程违法发包、转包或违法分包给不具备用工主体资格的单位或个人，致使拖欠农民工工资的，由建设单位或违法企业依法承担直接清偿责任。
基于前述相关政策，发包方或总承包方按工程所在地规定，设立农民工工资预储金账户并预存资金，支付工程款时直接扣除农民工工资部分，由劳务分包方提出委托发放工资申请，并向总承包方、发包方提供有关农民工考勤、工资发放表等有关资料，经项目所在地建设主管部门批准，提交银行后由银行直接向农民工个人支付工资。
此项业务也产生了相关涉税问题，不论是发包方代发农民工资，还是总承包方代发农民工资，农民工工资涉及的个人所得税由哪一方负责代扣代缴？关于这个问题存在不同的观点，有人认为哪一方发工资就由哪一方来履行扣缴义务，有人认为农民工归属单位有扣缴义务。
根据《国家税务总局关于个人所得税偷税案件查处中有关问题的补充通知》（国税函发〔1996〕602号）（部分条款失效）:
扣缴义务人的认定，按照个人所得税法的规定，向个人支付所得的单位和个人为扣缴义务人。由于支付所得的单位和个人与取得所得的人之间有多重支付的现象，有时难以确定扣缴义务人。为保证全国执行的统一，现将认定标准规定为:凡税务机关认定对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人。
该文件的部分条款已经失效，但是本条关于扣缴义务人的认定依然有效个人所得税扣缴义务人最终认定标准是对支付对象和支付数额有决定权的单位和个人。
发包方向总承包方支付的工程进度款中包含了农民工工资，总承包方向劳务分包方支付的分包款中也包含了农民工工资，层层支付时实际上就产生了上述条文中的“逐级支付”现象。上述业务中哪一方有权决定向哪些农民工支付工资，支付多少，哪一方就是扣缴义务人。
农民工是建筑劳务分包单位招聘的，劳务分包单位与农民工签订《劳动合同》或《劳务合同》，具体的用工、派工工作归属劳务分包单位负责，工人的考勤由劳务分包单位负责，农民工工资标准也归属劳务分包单位负责制定因此对于当月给谁付工资、付多少的决定权应该在劳务分包方手里。发包方和总承包方只是根据劳务分包方提供的有关资料（考勤资料、工资发放名单银行账号信息、委托代付协议书等），联合向建设部门申请批准代发农民工工资，由农民工工资专用账户的开户银行直接发放。因此，不论农民工工资由哪一方代发，其所得收入的个人所得税的扣缴义务人均为劳务分包方。如果建筑企业未将工程劳务分包给建筑劳务分包公司，而是自行组织劳动力进行施工，发包方代发农民工工资时的个人所得税扣缴义务由建筑企业负责。
2019年12月4日，国务院第73次常务会议通过了《保障农民工工资付条例》（中华人民共和国国务院令第724号），自2020年5月1日起施行《保障农民工工资支付条例》确定了很多具体的制度，对建设工程的招投标合同签订、工程款支付与结算，对建设单位、施工总承包单位、分包单位都由可能产生重大影响。这里总结了5点对施工承包单位影响较大的内容。
施工总承包单位应当按照有关规定开设农民工工资专用账户，专项用于支付该工程建设项目农民工工资。开设、使用农民工工资专用账户有关资料应当由施工总承包单位妥善保存备查。工程完工且未拖欠农民工工资的，施工总承包单位公示30日后，可以申请注销农民工工资专用账户，账户内余额归施工总承包单位所有。
施工总承包单位应当在工程项目部配备劳资专管员，对分包单位劳动用工实施监督管理。掌握施工现场用工、考勤、工资支付等情况，审核分包单位编制的农民工工资支付表，并根据分包单位编制的工资支付表。通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户，并向分包单位提供代发工资凭证。用于支付农民工工资的银行账户所绑定的农民工本人社会保障卡或者银行卡，用人单位或者其他人员不得以任何理由扣押或者变相扣押。
分包单位拖欠农民工工资的，由施工总承包单位先行清偿，再依法进行追偿。工程建设项目转包，拖欠农民工工资的，由施工总承包单位先行清偿再依法进行追偿。
用工单位使用个人、不具备合法经营资格的单位或者未依法取得劳务派遣许可证的单位派遣的农民工，拖欠农民工工资的，由用工单位清偿，并可以依法进行追偿。用人单位将工作任务发包给个人或者不具备合法经营资格的单位，导致拖欠所招用农民工工资的，依照有关法律规定执行。
用人单位允许个人、不具备合法经营资格或者未取得相应资质的单位以用人单位的名义对外经营，导致拖欠所招用农民工工资的，由用人单位清偿，并可以依法进行追偿。
建设单位与施工总承包单位依法订立书面工程施工合同，应当约定工程数计量周期、工程款进度结算办法以及人工费用拨付周期，并按照保障农民工工资按时足额支付的要求约定人工费用。
《保障农民工工资支付条例》规定，人工费用拨付周期不得超过1个月，因建设单位未按照合同约定及时拨付工程款导致农民工工资拖欠的，建设单位应当以未结清的工程款为限先行垫付被拖欠的农民工工资。
《保障农民工工资支付条例》规定，政府投资项目所需资金，应当按照国家有关规定落实到位，不得由施工单位垫资建设。
上述规定重申了自2019年7月1日起实施的《政府投资条例》（中华人民共和国国务院令第721号）中关于政府投资项目不得由施工单位垫资建设的有关规定。政府投资项目应当按照国家有关规定合理确定并严格执行建设工期，任何单位和个人不得非法干预。项目建成后，应当按照国家有关规定进行竣工验收，并在竣工验收合格后及时办理竣工财务决算。
建筑企业跨省异地施工，即工程项目与企业不在同一省（自治区、直辖市）的，企业向项目部派驻的管理人员、技术人员和其他工作人员在异地工作期间的工资、薪金所得都涉及个人所得税如何申报缴纳问题。
异地施工项目个人所得税应该如何缴纳？建筑企业异地施工项目相关人员的工资、薪金个人所得税问题，需要明确三个内容：
第一，这部分个人所得税在哪儿交，应该在机构注册地缴纳还是项目所在地缴纳；
第三，如果被核定征收了，在机构注册地对这部分人员进行代扣代缴个人所得税时可否扣除被核定缴纳的部分。
根据《国家税务总局公告2015年第52号》，总承包企业、分承包企业派驻跨省异地工程项目的管理人员、技术人员及其他工作人员，其工资、薪金所得个人所得税，由企业代扣代缴后向工程作业所在地税务机关申报缴纳。
例外情形：若企业能提供完整会计账簿并证明工资在机构地分配，经工程地税务机关核准后，可回机构地缴纳（但此规定主要适用于省内异地项目，如山东省）。
劳务派遣人员：由劳务派遣公司代扣代缴，并直接向工程地税务机关申报。
若企业未按规定办理全员全额扣缴申报，或无法提供工资表、考勤记录等完整资料，工程地税务机关可按工程收入的一定比例核定征收个人所得税。例如：
跨省项目：部分地区按工程价款或开票金额的0.4%-2%核定（如广东省按4‰、江苏省按4‰）。
实务操作差异：尽管《52号公告》明确要求全员全额申报后不得核定，但实际操作中因建筑企业未设立会计账簿，或者会计制度不健全，不能准确、完整地进行会计核算，核定征收仍较普遍。
避免核定征收的关键：企业需向工程地税务机关提交全员全额扣缴明细申报，并提供劳动合同、工资发放记录、考勤表等资料。
建筑企业如果在异地已经申报缴纳了有关工作人员的工资薪金个人所得税（无论核定或据实征收），在机构注册地发放工资时只要有合法、合规、完整的完税凭证申报个人所得税时可以相应扣除。所需资料工程所在地税务机关应该提供，机构注册地税务机关不能要求建安企业重复征税。
1、开户：施工总承包单位在项目所在地银行开设农民工工资专用账户，账户名称应包含项目名称，便于识别。
2、资金划拨：建设单位按合同约定，将人工费用按时足额拨付至该账户，确保账户资金充足。
3、账户管理：该账户专项用于支付农民工工资，不得挪作他用。定期对账，确保账实相符。
1、信息采集：施工总承包单位在项目部设立实名制管理机构，采集农民工基本信息，包括姓名、身份证号、银行卡号、联系方式等，建立电子档案。
2、考勤记录：采用人脸识别、指纹打卡等方式记录农民工考勤，每日考勤数据实时上传至管理平台，考勤记录作为工资发放依据。
3、合同签订：与每位农民工签订书面劳动合同，明确工资标准、支付周期、支付方式等条款，合同一式三份，农民工、分包单位、总承包单位各执一份。
1、工资表编制：分包单位每月根据考勤记录和合同约定的工资标准，编制工资表，经农民工本人签字确认后，提交施工总承包单位审核。
2、审核与支付：建筑总承包单位在规定时间内完成审核，无误后委托银行从专用账户将工资直接发放至农民工个人银行卡，发放后保留银行回单作为支付凭证。
3、公示：每月工资发放后，将工资支付情况在项目部公示栏公示，接受农民工监督。
1、资金保障：在合同中约定建设单位逾期支付工程款时，应先行垫付农民工工资的条款，明确垫付责任和追偿方式。
2、分包单位监管：与分包单位签订补充协议，明确分包单位拖欠工资时，总承包单位有权从分包款中扣除相应金额用于支付工资，并追究分包单位违约责任。3、应急处理：设立农民工工资支付应急小组，组长由项目经理担任，成员包括劳资专管员、财务人员等。一旦发生工资拖欠投诉，应急小组应在24小时内介入调查处理，安抚农民工情绪，防止事态扩大。
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