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（一）案例背景：一笔“整体”的股权转让交易
A公司有31名自然人股东，2016年7月17日，这31名股东一起和B公司签了《股权转让协议》：把A公司51%的股权整体卖给B公司。协议约定：这51%股权的原始总价7803万元，交易总价39940.14万元。
这里关键词是"整体"。这是一笔打包交易，不是某一个股东单独卖股权，是31名自然人股东按相同比例转让，也就是每个人把自己手里的股权按51%卖出去，单价一样。
协议约定转让款分三期支付，其中第三期尾款20%在51%股权过户后10个工作日内支付。
2016年7月21日至10月26日，B公司陆续付给31名股东27081.94万元（约占总交易价款39940.14万的68%）。
2016年10月11日，51%股权办完了工商变更登记。但B公司没按约支付剩下的钱。拖到2017年2月24日，B公司还欠31名股东股权转让款12858.20万元（约1.28亿）没付。
（二）争议焦点：价格下调引发的个税退税之争
A公司股东钱收不回来，双方重新谈判。2017年2月24日，31名股东、B公司、A公司三方签了《股权转让协议的补充协议》，把原来的交易改了：约定B公司把拿的41%股权按原价退回给31名自然人股东，剩下的10%股权重新定价，整笔10%的交易价从原来的7831.4万元，改成4000万元，差不多降了一半。
2017年4月10日，退回41%股权办完了工商变更登记。
钱确实退了，工商登记也变更回去了，可是自然人股东之前已经按收到的68%的股权交易款去交了个税了，那现在这个多交的税款怎么办？
（三）以股东老王为例：税款计算的巨大差异
自然人股东老王名下51%股权的对应的股权成本是25.5万元，他按130.52万元的价格，把属于自己的那51%卖给了B公司，老王个人收到88.5万元（约占他130.52万的68%）。但老王以130.52万申报缴纳股权转让个税203651.02元、印花税652.60元。
等到修改协议后，老王实际只卖了10%，这10%的交易价应该是13.07万，减掉原始价5万、减掉印花税652.60元，实际所得应该是80047.4元，按20%该缴个税应该是16009.48元；也是说老王多缴了18多万的个税，于是他申请退税。
可是税务局只退了61356.62元。税务局怎么算的呢？
税局用实际收到的68%交易款项88.5 万元，减去对应的股权原值17.29 万元，然后再减去合理税费印花税，然后再乘以税率20%得出个税是142,294 元。最后再用已经缴纳的203651.02个税减去这142,294 元个税，得到退税款61356.62元。
肯定不对啊。你要不就认定股权转让已完成，后续的补充协议是第二次股权转让不退税；要不就认定确实属于股权转让没完成，退还别人18万的的个税。现在税局退6万的个税，相当于是认定股权转让没完成，但是股东实际收到多少钱我就按多少钱收税，股东退回B公司的钱我却不给你退税。整个就是一个和稀泥的处理方式。
（四）法院判决：税务局的决定被撤销
法院最后是撤销税务局"退税6.1万"的决定，责令税局对老王的退税申请重新作出处理。理由主要有两条：
第一，就是我刚才说的，税务局算退税的"基数"用错了。
税务局退那6.1万，是用老王实际收到的88.5万（一笔阶段性回款）当股权转让收入，去倒推该退多少。但是那88.5万只是合同履行中的一笔进度款，交易双方从没把它当成最终交易价，拿它当计税基数，没有事实及法律依据。
老王2017年5月25日申请退税，税务局拖到2017年9月才出决定。根据《税收征收管理法实施细则》第七十八条第一款规定：纳税人发现多缴税款，要求退还的，税务机关应当自接到纳税人退还申请之日起30日内查实并办理退还手续。
税局办理退税超期了，程序违法。税务局虽然辩称"案件复杂可以延长"，但拿不出证据，法院没认。
可是法院的判决其实很微妙。法院回避了"股权降价了、之前多缴的税该不该退"这个核心问题，他只是把案子发回去重新作出处理。
实务中，根据近几年的案子来看，纳税人如果拿着和老王一模一样的理由去要退税，法院一般是不会支持的。
（五）6个实务误区
财产转让所得的"收入额"，是纳税义务发生时那笔股权的价值，也就是协议约定的转让价格，不是你后来实际落袋多少。比如本案中，老王第一次交个税是按签约时的交易价130.5233万算的，没问题。
按《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号）第四条第一款：个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按"财产转让所得"缴个税。协议一签定生效、或买方付了部分款，纳税义务就发生了，得按总价款一次性申报，不是收到一笔算一笔。
个税里只有工资薪金等综合所得有预缴和汇算；股权转让属于"财产转让所得"，交了就完了，没有多退少补这回事。
第四，67号公告说后续拿到的钱要计入股权转让收入，那后续减少的钱也该扣减。
不对哦，条文只讲了"增加要计税"，没讲"减少可扣税"，反着推不成立。
第五，我只是降价，又没退股退款，不适用国税函〔2005〕130号文件，所以能退。
国税函〔2005〕130号文恰恰规定了唯一一种能退钱的情况：合同没履行完毕、股权没变更登记、收入没实现，经仲裁解除、停止执行、原价收回股权，这种才不征税；你单纯商业协商降价，不在这条规定里。
第六，按《税收征收管理法》第五十一条，我实际收少了就是多缴，该退。
退税的前提是"存在多缴税款"。协议价是双方确认的股权价值，后来你基于商业目的主动降价、放弃部分利益，是你自己处分权利，不等于当初税算多了。
（六） 结论：税基的确定性与风险防范
简单总结下：股权转让的计税价格，看的是签约时点的股权价值，不是你最终口袋里落袋多少钱。只要股权变了登记、合同走完了，税就定死了。之后无论降价、纠纷、补偿，都不会改变当初那个税基——除非你能靠上国税函〔2005〕130号文的情况：合同压根没履行完，靠仲裁解除，而且还原价把股权收回来，那么你可以退税。
至于对赌也是一样。对赌失败你倒贴钱给买方，那是经营风险补偿，不是调低交易总价，税款照交不误。
反过来说，如果你是被多征、真多缴税款了（比如税务局自己算错缴税基数、或者真符合国税函〔2005〕130号文的的规定），记得按《税收征收管理法》第五十一条去处理：结算缴税之日起三年内发现，可以要求退，还能加算银行同期存款利息；申请退税税务机关30日内办理。
所有股权路上遇到的坑，都是当初图省事埋下的雷！
