按照规定，自然人股东减资，如果取得了收益，就需要按“财产转让所得”缴纳个人所得税
应纳税所得额=个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回款项合计数-原实际出资额（投入额）及相关税费。假设股东张三减资收回500万，当初实际出资是300万，没有其他税费，那应纳税所得额就是200万，得按20%税率缴纳40万的个税。
但要是减资违法，张三把500万资金退回，已缴纳的40万税金能不能退，目前并没有统一明确的规定。
一般来说，如果税务机关认定减资行为自始无效，是因为股东违规导致的，理论上已缴纳的个税应当退还。因为减资本身不合法，基于减资收益产生的纳税义务也不该存在。可要是减资虽违法，但有部分合理商业目的，或者税务机关认为股东存在其他应纳税行为，就可能不会全额退还税金。
还有一种情况，如果公司亏损，股东减资本来就没取得收益，本不需要纳税。
要是错误缴纳了个税，这种情况下发现减资违法退回资金，税金肯定得退。
总结要点
所以，违法减资退回资金对应的税金是否退还，关键得看减资违法的原因、税务机关的认定，还有具体的税收政策，要是遇到这种情况，最好和当地税务机关充分沟通 ，提供相关证据材料，争取合理的税务处理结果。
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