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目前我国对跨境电子商务企业进口环节征税适用的是行邮税（行李和邮寄品税的简称），有关部门正在酝酿调高这一税率。
我国海关对于进口商品有两个征税规则，一种是企业购买国外商品进入中国并用于商店销售，海关对其征收关税和进口环节增值税；另一种则是由个人带入或者邮寄的物品，就征收行邮税。跨境电商和一般贸易进口在税收上最大的区别是，一般贸易进口要交进口环节增值税和关税，其中进口环节增值税是17%，而关税根据关税税则，不同商品适用不同税率。行邮税把这两个税打包在一起，大多数商品的行邮税在10%，税负比一般贸易要低很多。
我国跨境电商企业进口，通常采取在保税区建仓库的做法，即通过一般贸易的方式先将商品进口到国内保税仓中，通过电商平台来确定购买者，国内消费者下单之后，商家直接从保税仓发出小包裹货品，这样就可以大大节约成本和时间，对于消费者而言，也更加便利。随着跨境电商的发展规模越来越大，就产生了两个问题。一是对购买者来讲，税负轻了成本低了，但是对国家而言，形成了税收收入的流失。二是如果未来跨境电商发展趋势很快的话，会冲击一般贸易。因为跨境电商的税务成本低，一般贸易的商业模式竞争不过跨境电商。前的行邮税不仅会造成跨境电商和一般贸易之间的税负不公平，也会因为进口商品和国内商品税负不同对国内企业产生影响，造成了不公平贸易。正是考虑到税收流失和公平贸易等因素，国家相关部门才最终决定要调高行邮税率。
多家电商表示，行邮税提高后，并不影响其跨境电商业务。目前国内消费者购买的海外产品多数税率为10%，并且价格在500元以下，税率上调后，商品价格不会大幅上涨，预计并不影响消费者购买热情。
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