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是否拥有高新技术企业所带来的税收优惠，对企业的经营业绩影响可谓重大。企业无法达到相关政策标准的而享受了高新企业税收优惠，就会涉嫌存在骗取高新技术企业资质、进而偷逃企业所得税款的违法行为。纳税人一旦被取消高新资格，实际经营情况不符合减免税规定条件而申请享受到的优惠税款，将面临补缴税款，补缴时会涉及到加收滞纳金和处以罚款。同时，纳税人重新申请认定高新技术企业，可能会影响公司再次获得高新技术企业资质或享受高新技术企业的所得税税收优惠。
研发人员占公司员工比例未达标准
案例一：精艺股份的子公司佛山市顺德区精艺万希铜业有限公司于2008年被认定为高新技术企业，自2008年1月1日至2010年12月31日享受15%的企业所得税优惠税率。由于精艺万希2009年末人员变动，导致其研发人员占公司员工比例未达高新技术企业认定标准规定的“研发人员占企业当年职工总数的10%以上”，其在2009年第1季度至第4季度均按15%的所得税率预缴了企业所得税，其主管税务机关要求其在2009年度所得税汇算清缴申报时需按25%税率计缴企业所得税，因税率差应补缴企业所得税额579万余元。
案例二：华映视讯科技人员指标未达标准，要求按照25%税率补缴企业所得税。华映视讯发布公告披露：公司控股子公司华映视讯(吴江)有限公司2009年所得税汇算清缴需补缴1100余万元所得税，主因华映视讯2009年度人员指标未达到高新技术企业标准，税务局要求按照25%税率计算缴纳所得税，由于华映视讯在2009年会计核算及所得税预缴申报时均按照高新技术企业所得税率15%计算所致。税款已于2010年5月31日完成补缴。
新技术产品收入比例未达标准
案例三：东湖高新《公告》披露：因公司以前年度高新技术产品收入占比未达到60%，国家审计署和税务机关认定公司不得享受高新技术企业所得税优惠政策，公司补缴2005年-2009年期间企业所得税款3300余万元及滞纳金1593.36万元。
案例四：近日，当地主管税务机关对A公司进行检查过程中发现，A公司的高新技术产品收入比例事实上并未达到《高新技术企业认定管理办法》所要求的60%的标准，不符合国家规定的高新技术企业资格所规定的条件，故不应享受税收优惠政策，遂发出《税务行政处理决定书》，要求A公司补缴2010年、2011年和2012年3个年度的企业所得税5800余万元并缴纳滞纳金。
未通过高新技术企业复审
案例五：南海发展《关于未通过高新技术企业复审的公告》称：根据广东省科技厅网站日前公示的《广东省2012年第二批拟通过复审高新技术企业名单》，公司未被列入，即公司未能通过高新技术企业复审。根据规定，公司2012年度不能享受高新技术企业的企业所得税优惠政策，应按25%的税率缴纳企业所得税。由于公司2012年1-9月暂按15%的所得税税率预缴企业所得税，因此须补缴2012年1-9月企业所得税额为760万元，占同期净利润(合并报表)比例为4.93%。
研发费用占总收入比例小于3%
案例六：报喜鸟《关于2013年度可能不享受国家高新技术企业所得税优惠政策的公告》称：2013年4月20日，公司董事会在《2012年度报告》中披露：由于母公司经营范围扩大，直营占比持续提高，导致收入规模增长，且研发方向规划将进行较大调整，并经地方相关主管部门税收评估与沟通，公司不再申请2013年享受国家高新技术企业所得税优惠政策。近日，经与当地税务主管部门进行初步沟通，当地税务主管部门认为母公司若2013年度研发费用占总收入占比小于3%，则2013年度不能享受国家高新技术企业所得税优惠政策。
不符合高新技术企业税收优惠条件
案例七：联合化工《关于收到主管税务机关对公司2011年度所得税税收优惠政策不予备案通知的公告》称：2012年6月5日，公司收到沂源县地方税务局《关于所得税税收优惠不予备案通知书》，对公司提出的2011年度高新技术企业税收优惠备案申请进行了审核，认为公司2011年度不符合高新技术企业税收优惠条件，决定不同意公司享受2011年度企业所得税相关税收优惠。由此，联合化工需对2011年度的所得税税率由15%调整为25%重新计算，追溯调整2011年度相关财务数据，经公司财务部门初步测算，预计2011年度的企业所得税费用增加1304.71万元。
皮鞋皮具不属于高新技术
案例八：奥康鞋业从事的皮鞋、皮具生产确实不在《国家重点支持的高新技术领域》规定的八大领域之列。截至2011年6月30日，公司从研发人员人数、学历方面以及公司研发费用占营业收入的比例均远低于高新技术企业的规定。根据招股书，2011年上半年和2010年，奥康鞋业按照15%的税率计算的企业所得税分别为6456.2万元和11000.47万元。而若根据25%的税率计算，应分别为10760.33万元和18334.12万元。以此计算，奥康鞋业这两年因获得高新企业资质而少缴所得税1.16亿元。
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