据最新消息，国家税务总局所得税司正在开展关于新三板股权交易个人所得税的核查工作，核查方法为：网络抓取“全国股转系统”2016年10月至2017年9月公布的交易数据，通过关联卖方个人名称与被投资公司所属主管税务机关，与系统中的申报数据比对，初步筛选出“单笔金额500万及以上应申报未申报”的交易，要求各地税局开展对应工作。
事实上，这也是新三板投资者首次面临交易环节除印花税外的缴税要求，不过根据此次税务总局核查的范围来看，并未将所有新三板市场的二级市场交易环节都纳入核查范围。此次指向比较明确就是针对高收入、高净值纳税人，具体而言500万及以上的交易将被重点关注。
新三板税收征管漏洞
资本市场的税收征管本就有很多空白领域，相比公开发行市场，新三板市场更多征管漏洞：
1．个人转让上市公司二级市场股票可免征增值税和个税，个人转让新三板公司二级市场股票政策不明确；
2．企业转让上市公司股票（包括限售股）需要缴纳增值税，企业转让新三板公司股票政策不明确；
3．个人转让上市公司限售股需要按规定缴纳个税，个人转让新三板公司限售股没有明确规定。
实操中，可以享受税收优惠的，很多投资者希望参照上市公司规定享受。例如个人转让新三板股票参照上市公司规定免征增值税和个税。依据是：国务院2013年12月13日下发的《国务院关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》，“市场建设中涉及税收政策的，原则上比照上市公司投资者的税收政策处理。”
没有税收优惠的，很多投资者又希望参考非上市公司处理，例如企业转让上市公司股票需按转让金融商品征收增值税，企业转让新三板公司股不应按转让金融商品征收增值税。依据是《全国中小企业股份转让系统有限责任公司管理暂行办法》（中国证券监督管理委员会令第89号）规定，“股票在全国股份转让系统挂牌的公司为非上市公众公司。”
既然新三板公司是非上市公司，转让新三板公司股票应比照转让股权处理，不征收增值税。尤其对于限售股，《国家税务总局关于营改增试点若干征管问题的公告》（国家税务总局公告2016年第53号）明确转让限售股计征增值税的情形都是针对上市公司的，非上市公司的新三板公司好像不应“掺和”进来征税。
新三板税收征管风险
首先国务院的文，对具体的税收征管几乎没有约束力。实操中，就有税收政策和国务院规定的“原则”相悖的。例如，股权激励的税收政策，上市公司的股权激励，员工可按不超过12个月的期间分期纳税；非上市公司可递延至转让股票时纳税。新三板公司参照非上市公司处理。
其次，对于可参考上市公司的税收处理，税务总局已发文明确。例如个人取得股息红利的差别化税收政策，《关于上市公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》（财税[2015]101号）明确新三板公司可参考适用。
再则，实操中，针对这些不明确事项，各地征管政策本就差异巨大。更多时候，地方税局是睁一只眼，闭一只眼，不主动追查；税务总局从财政收入、现状复杂等角度考虑，也未明确征管口径。现在税收征管趋严的背景下，在税务总局明确下达核查任务的关口，很可能地方税局会从严解释。
过往，很多投资者从 “法无明文规定则自由”的角度对这些征管漏洞作出有利于纳税人的解释和处理；如今，很可能税务总局要收紧这个征管大网，抓捕过往的“漏网之鱼”。
