根据《国家税务总局关于企业投资者投资未到位而发生的利息支出企业所得税前扣除问题的批复》（国税函〔2009〕312号，下称“312号文”）的规定，凡企业投资者在规定期限内未缴足其应缴资本额的，该企业对外借款所发生的利息，相当于投资者实缴资本额与在规定期限内应缴资本额的差额应计付的利息，其不属于企业合理的支出，应由企业投资者负担，不得在计算企业应纳税所得额时扣除。
312号文的出台背景为2005年《公司法》修订后，根据2005年《公司法》第二十六条的规定，分期出资应在两年内缴足（投资公司为五年）。312号文规定的原理为，根据《企业所得税法实施条例》第二十七条，企业能够在税前扣除的支出应当是合理的，符合生产经营活动常规。企业的经营成本首先应当由企业投资者的投资来满足，若投资者已在规定期限内实缴全部出资，而企业仍需对外借款满足生产经营需要的，方属于合理支出。否则，相应部分的利息支出应视为由投资者负担（因投资者未在规定期限内缴足应缴资本额），需要做纳税调增，不得在计算企业应纳税所得额时扣除。
对于公司制企业而言，312号文所称的“规定期限”一般为公司章程约定的期限，而新《公司法》为有限责任公司设定了不超过5年的法定最长认缴期限。实践中，对于312号文的适用存在两种处理方式：第一种处理方式认为，无论期限是否届满，只要应缴资本额未全部到位，相应利息支出差额就需要做纳税调增；第二种处理方式认为，期限届满后，应缴资本额仍未全部到位的，相应利息支出差额才需要做纳税调增。
对于前者，此次《公司法》修订的期限并不会对312号文的适用产生实质影响；对于后者，312号文的适用将会转变为，有限责任公司在约定期限或法定5年期限（孰短）内，股东未缴足应缴资本额的，自期限届满之日起，该企业对外借款发生的利息支出，相当于实缴资本额与应缴资本额差额应计付的利息，不得在税前扣除。
因此，我们建议，有限责任公司应关注是否存在大量尚未实缴的应缴资本额或者约定了超过法定期限的认缴期限，尤其在公司存在借款时，应主动与主管税务机关沟通确认相关的税务处理方式，依法依规合理计算利息支出的税前扣除金额，准确缴纳企业所得税。
可以预见，随着五年最长认缴期限的确立，公司对于注册资本额的设置相比以往会更为克制，股东可能会设置较低的注册资本额，从而降低五年内需实缴出资的资本额。根据《财政部、国家税务总局关于企业关联方利息支出税前扣除标准有关税收政策问题的通知》（财税〔2008〕121号）的规定，一般情况下，企业实际支付给关联方的利息支出可以在税前扣除的条件之一为，其接受关联方债权性投资与其权益性投资比例不超过2:1（非金融企业）。因此，若公司设置较低的注册资本额从而降低所需的实缴出资额可能会进一步导致能够在税前扣除的关联债务利息支出降低。
综上，我们需要提醒股东应综合考虑最长认缴期限、现金流情况、关联债资比、税负影响从而确定注册资本额。