关联申报零申报或漏报
在关联申报的实践中，常常有某些企业未能准确没有正确理解《国家税务总局关于完善管理申报和同期资料关联有关事项的公告》（国家税务总局公告2016年第42号）关于关联申报条件的规定，在某些年度内未与其关联方发生业务往来，但仍进行了关联申报（即“零申报”），这可能导致税务机关对其进行不必要的关联申报税务风险分析。同时，也有一些企业按规定应申报而未申报，存在漏报的情况，从而受到了税务机关的处罚。常见的情形有：
（一）不管是内资企业还是外资企业都需要进行关联申报；
（二）不管是境内关联交易还是境外关联交易都需要进行关联申报；
（三）不管是与个人发生的还是与企业（或组织）发生的关联交易都需要进行关联申报；
（四）发生关联交易的双方均需要进行关联申报。
漏报非关联交易金额
企业在进行填报，由于过于关注关联交易金额从而造成非关联交易金额的漏报、错报，以至于影响关联交易占比的计算。
漏报境外关联方
存在跨过业务的关联企业在进行申报时，会由于难以获取境外关联方的相关数据或以不了解境外关联方相关信息为由而漏填报境外关联方。
关联交易类型填报错误
1、来料加工企业为关联方提供来料加工服务，并向关联方收取的加工费，应填报在 G102000《有形资产所有权交易表》，而不是 G108000《关联劳务表》。其中，“原材料—来料加工”按照企业年度进口报关价格计算填报，“产品（商品）—来料加工”按照企业年度出口报关价格计算。
2、对于技术服务费，不属于特许权使用费范畴的，应作为劳务费在《关联劳务表》填报；属于特许权使用费范畴的，应在《无形资产使用权交易表》填报。
3、委托境外关联方提供合约研发服务，向关联方支付合约研发费用，其中费用化部分应在《关联劳务表》填报，资本化部分应在《无形资产所有权交易表》填报。
4、涉及研发业务的企业，如果将属于企业无形资产的研发成果所有权出让给关联方，应填报 G103000《无形资产所有权交易表》；如果将属于企业无形资产的研发成果使用权出让给关联方，应填报 G105000《无形资产使用权交易表》；如果是受关联方委托，仅收取劳务费用，则应填报G108000《关联劳务表》。
5、应收账款在年度内没有发生转让交易，仅发生余额变动的，不需要就应收账款余额变动情况填报 G106000《金融资产交易表》。
6、企业股东进行股权转让时，由于企业属于被投资方而不属于交易方，所以该交易也就不属于企业要申报的关联股权转让交易。实践中，也有企业容易误将向股东支付股息红利作为关联交易报