目前个人所得税综合所得征管实行“平时预扣预缴，年度汇算”。纳税人平时取得综合所得的情形复杂，不可能使所有纳税人平时已预缴税额与年度应纳税额完全一致，此时两者之间产生“差额”，就需要通过年度汇算进行调整，即退税或补税。
（1）同时在两个以上单位任职受雇并领取工资薪金预缴税款时重复扣除了减除费用（5000元/月）。
（2）除工资薪金外，纳税人还有劳务报酬、稿酬、特许权使用费所得，各项综合所得的收入加总后，导致汇算清缴适用的税率高于预缴税率。
（3）年中换过任职单位，因后一任职单位不能掌握前任职单位的收入，申报的累计收入偏低，导致预缴时适用的税率偏低，年度汇算时适用的税率高于预缴税率。
（4）有多笔年终奖预缴时都选择了单独计税，但汇算清缴时只允许一笔年终奖单独计税。
汇算需补税的纳税人，汇算期结束后未申报补税或未足额补税的，一经发现，税务机关将依法责令限期改正并向纳税人送达有关税务文书，对已签订《税务文书电子送达确认书》的，通过个税APP及网站等渠道进行电子文书送达;对未签订《税务文书电子送达确认书》的，以其他方式送达。同时，税务机关将依法加收滞纳金，并在其个人所得税《纳税记录》中予以标注。
对于拒不整改或整改不彻底的纳税人，税务机关将依法进行立案检查，在征收滞纳金的基础上加处罚款，并纳入税收监管重点人员名单，对其以后3个纳税年度申报情况加强审核。