1、集团业务整体价值链分析
集团首先应考虑对外整体贡献了什么价值，如大型餐饮集团，整体价值就是为社会提供美味的餐食，产业链涉及原材料采购、原材料加工、员工培训、菜单开发、订单系统研发、餐饮门店装修等多个流程，为了提升管理效率、扩大生产经营，集团一般会根据功能划分为多个独立公司，有些公司的经营收入全部为关联收入，如集团平台综合服务费的分摊，订单系统研发收费等；有些公司的经营收入既包括关联收入，也包括非关联收入，如原材料加工公司，其产品既销售给直营店，也销售给加盟店。
针对同类型的关联交易，集团应制定统一的关联交易定价方法，也称转让定价方法。如同样是集团综合服务费定价，不能北京公司按成本加成法、重庆公司按交易净利润法；如集团资金池，不能同一期间的借款或贷款利率有差异。
因税务机关首先是基于外部视角来进行监管，分析集团间的关联交易是否具备合理的商业目的，是否符合商业逻辑。简单举例：如A公司为盈利公司，且账面资金充足，B公司为亏损公司，对外有借款，A公司与B公司为关联方，A公司向B公司借款，且支付高额利息，然后A公司再将资金无偿借给其他关联方。这项融资活动从外部视角一看就不具备合理性，而是利用关联交易减少A公司的企业所得税，被纳税调整的风险特别大。
2、公司间功能风险分析
因关联交易定价的基础就是功能风险的分析，承担的功能及风险越大，则利润率水平波动就越大，在整体价值链中的利润分割占比就越大，一般来说利润率水平就越高，如餐饮集团中的直营门店。如在整体产业链中仅承担生产加工职能，产品全部销售给关联方，不承担原材料价格和产品价格波动的风险，则该公司的利润率应该是保持稳定且相对较低水平。在判定企业是否承担市场风险时，可根据企业的经营决策权来判断，如销售价格完全由集团或下游关联方制定，还是由本企业自行制定。
如A公司加工的产品完全销售给关联方B公司，且A公司不具备定价权，A公司前几年为盈利状态，今年为亏损，则可能就触发税务风险，那是否会被进行纳税调整呢，具体还得看情况：
情况一：因原材料价格提升，但销售价格不变导致亏损；
情况二：A公司根据前几年的销售情况预测需要扩大产能，于是采购了大量固定资产，因折旧增加导致公司亏损。
那情况一因A公司无定价权不应承担市场风险，应调整为合理的利润水平，被纳税调整的风险就特别大。情况二是因A公司具备采购固定资产的决策权，则应承担采购固定资产影响公司利润的风险，所以出现亏损是合理的，不应被纳税调整。
说到关联交易定价，关键就是符合独立交易原则。根据国家税务总局关于发布《特别纳税调查调整及相互协商程序管理办法》的公告（国家税务总局公告2017年第6号），转让定价方法包括可比非受控价格法、再销售价格法、成本加成法、交易净利润法、利润分割法及其他符合独立交易原则的方法。对于非经常性发生的关联交易，且关联交易金额较小，实务中一般常用的就是成本加成法，加成率根据行业经验确定，税收风险也是可控的。但是对于经常性发生的关联交易，且交易金额较大，则建议提前请专业机构做一个详细的转让定价报告，确定定价方法和固定比率，如产品购销确定用成本加成法，就提前确定加成率。专业机构出具转让定价报告是需要严格按照《国家税务总局关于完善关联申报和同期资料管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2016年第42号）的流程和程序完成，在此就不进行赘述。
对于经常性发生关联交易的企业如事前未请专业机构出具转让定价报告，则事后也应该出具同期资料，以此来证明关联交易是否符合独立交易原则，如未在可比企业的利润率的四分位区间内，则可自行按照中位值进行调整，避免后期被税务机关调整而产生滞纳金或利息支出。