出于资产重组的需要，企业会将其持有的股权投资到其他企业，以换取被投资企业股权。从投资方角度而言，这是一种股权转让行为；从被投资方角度而言，这是被投资方以自身股权作为支付对价，收购投资方持有的股权，因此被称为股权收购。根据《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号，以下简称59号文）规定，股权收购在符合五个条件的情况下可以享受特殊性税务处理待遇。现结合案例进行解析。
案例1：以购买方自身股权作为对价（股权收购）
A公司持有M公司60%股权，股权计税基础为1000万元，公允价值为1亿元。M公司和上市公司B属于上下游关系。B公司为扩大上下游产业链，2018年1月，经证券监管部门批准后，与A公司达成协议，A公司以M公司60%股权参与B公司增资扩股，获得了B公司价值1亿元的限售股股票，限售期12个月。
税务分析
本案例的实质是A公司将其持有的M公司60%股权转让给B公司，购买方B公司支付的对价是其自身股权。如果A 公司按照一般性税务处理缴纳该笔股权转让业务的所得税，由于并未收到现金对价，会导致缺乏纳税必要资金。该案例是否可以适用特殊性税务处理，取决于是否符合以下五个条件：
1、具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。该条件是反避税条款，防止纳税人滥用税收优惠，以达到避税的目的。本案例中B公司股权收购的目的是为了扩大上下游产业链，具有合理的商业目的，符合第一个条件。
2、被收购的股权比例不低于50%。59号文规定特殊性税务处理的主要目的是解决大额资产、大宗交易纳税必要资金问题，因此规定收购的股权比例不低于75%。由于规定比例过高，影响了企业享受递延纳税政策，《财政部 国家税务总局关于促进企业重组有关企业所得税处理问题的通知》（财税[2014]109号，以下简称109号文）将比例降低为50%。本案例中，B公司以增资扩股的股票收购M公司60%股权，符合第二个条件。
3、企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。该条件又被称之为经营连续性原则。资产重组是以资本为纽带的重组行为，简单的资产出售不符合其本意。例如，以某化工企业的股权对外投资，该化工企业应该在12个月内继续从事化工生产，而不是立即拆除厂房，转而从事房地产开发。59号文解决的是资本层面的税收问题，不能涉及实际经营的变更。本案例中，B公司并购M公司看重的是M公司与其属于生产的上下游关系，M公司在被收购后的12个月内不会改变原来的经营活动，因此符合第三个条件。
4、重组交易对价中涉及股权支付金额不低于85%。59号文对股权支付金额比例作出要求主要基于两方面考虑：一是基于纳税必要资金的考虑，当股权交易中大部分对价以股权方式支付时，纳税人缺乏纳税必要资金，因此给予特殊性税务处理。同时为避免政策门槛过高，允许可以有最高15%的现金补价，即股权支付比例不得低于85%。二是基于权益连续性的考虑，本案例中A公司转让后虽然不再直接持有M公司股权，但通过持有B公司股权间接对M公司具有权益连续性。以收购方企业自身的股权支付对价可以保持权益连续性，这是59号文规定股权支付比例的另一个原因。
5、企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。该条件依然是权益连续性的体现。59号文要求重组后原股东和标的公司拥有一段时期稳定的权益连续性。如果重组后A公司立即将B公司股票出售，也就不具有权益连续性。本案例中，A公司取得的是限售期1年的限售股，自然不会在12个月内转让其取得的B公司股票，因此符合第五个条件。
综上所述，本案例符合59号文设定的5个条件，可以适用特殊性税务处理。A公司以M公司60%股权投资时，不缴纳企业所得税，同时A公司取得B公司股票的计税基础以及B公司取得M公司60%股权的计税基础，均按照M公司60%股权的原计税基础1 000万元确认，而不能按照公允价值1亿元确认。
案例2：多个转让方参与的股权收购
A公司、B公司、张先生分别持有M公司45%、15%、10%股份，计税基础分别为750万元、150万元、100万元。
2020年1月，三方股东作为一方与甲公司签订协议，将他们合计持有的M公司70%股权转让给甲公司，分别获得甲公司9%、3%和2%的股权，公允价值分别为1 500万元、300万元和200万元。假设其他方面都符合特殊性税务处理的条件。
税务分析
本案例有两个焦点：一是在转让方为多方的情况下，109号文规定的被收购股权比例超过50%，是指从单一转让方收购，还是从所有转让方收购的股权比例之和超过50%；二是企业所得税特殊性税务处理中，自然人股东是否可以享受特殊性税务待遇。
首先，针对第一个问题，应按照从所有转让方收购的比例之和来判断是否适用特殊性税务处理。109号文规定的被收购股权比例超过50%，是站在收购方（甲公司）立场，而非站在某一个转让方的立场，因此只要股权交易中合计收购股权比例超过50%，且各转让方协商一致，就可以适用特殊性税务处理，因此A、B 公司均可以适用特殊性税务处理。
其次，针对第二个问题，自然人不能适用特殊性税务处理。依据《国家税务总局关于企业重组业务企业所得税征收管理若干问题的公告》（国家税务总局公告2015年第48号，以下简称48号公告），重组交易中当事各方中的自然人应按个人所得税的相关规定进行税务处理。所以张先生不能适用特殊性税务处理，若缴税确有困难，可以在5年内分期缴纳税款。
另外，需要注意的是59号文规定企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内不得转让所取得的股权。根据《国家税务总局关于发布〈企业重组业务企业所得税管理办法〉的公告》（税务总局公告2010年4号，以下简称4号公告）规定，59号文中的“原主要股东”是指持股20%以上的股东。本案例中由于B公司和张先生持股比例均不足20%，在重组后12个月内转让其取得的股份，不影响股权收购业务享受特殊性税务处理。